Este artigo apresenta uma aplicação de integração metodológica entre Programação Matemática e o método multicritério FITradeoff para a proposição de um modelo auxílio à decisão quanto a destinação orçamentária de recursos em projetos de ciência e tecnologia no âmbito da Marinha do Brasil. A contextualização quanto ao entendimento do espaço de soluções e a necessidade do tratamento não linear de resultados decorreram de necessidades reais do tomador de decisão, podendo contribuir de maneira real para a administração naval. Dada a confidencialidade dos projetos, são apresentados dados simulados de maneira realística. Como limitação, o modelo é apoiado em programação linear inteira, estando sujeito a características de explosão combinatória. Portanto, o limite de execução em tempo razoável só pode ser definido de acordo com o conjunto de dados associado.