Olá, que bom que gostou! Muito obrigado!

O NAP utiliza fragmentações in silico para propagar anotações em famílias moleculares organizadas a partir do GNPS. Assim, é necessário que, primeiramente, você faça a análise no Molecular Networking clássico ou FBMN do GNPS. Depois, quando você utilizar o NAP, poderá ver novos metabólitos anotados nos nodos que não mostraram matches com as bibliotecas do GNPS. Cada anotação do NAP irá apresentar um ranqueamento de possíveis estruturas, é muito interessante.

Segue o link com o todos os passos para analisar no NAP: https://ccms-ucsd.github.io/GNPSDocumentation/nap/

Espero ter ajudado.

Olá, Márcia, muito obrigado! 

O GNPS só aceita o DDA. Para isso, o método de aquisição dos espectros de MS/MS deve ser devidamente configurado nas análises por LC-MS. Cada software apresenta opções específicas para isso. Nesse caso, uma análise metabolômica untarget, utilizei o modo Auto MS/MS, sendo realizada a fragmentação com CID dos íons mais intensos no TIC do MS.

Porém, se o seu estudo é target, por exemplo, você pode selecionar e obter o espectro de MS/MS apenas dos íons de interesse.

Olá, obrigado!

Não pesquisei intensamente sobre a presença desses metabólitos em insetos, ainda. As esfingosinas estão amplamente distribuídas em animais, vegetais, sendo também encontradas em fungos. São moléculas base para constituição de membranas celulares e estão envolvidas em diversos processos de sinalização metabólica.

Abraço.

Olá, muito obrigado, Hygor!

Inicialmente, converti os arquivos das análises por LC-MS/MS em ".mzXML" com o software ProteoWizard MS Convert. Depois, realizei todo o processamento dos dados dos arquivos mzXML no software MZmine. Não mencionei na apresentação porque tive receio de ultrapassar os 5 min. Este processamento incluiu parâmetros para detecção dos íons nos espectros de MS e MS/MS, bem como detecção dos sinais no TIC, alinhamento dos picos, deconvolução e agrupamento de isótopos. Após o processamento, os dados foram submetidos ao FBMN na plataforma GNPS. 

O manual do MZmine apresenta as instruções e funções de cada módulo de processamento.

A seção "Documentation" do GNPS traz muitos tutoriais. Segue um link com todos os passos para processamento no MZmine e análise no FBMN: https://ccms-ucsd.github.io/GNPSDocumentation/featurebasedmolecularnetworking-with-mzmine2/

Abraço.

Olá, Fernanda, muito obrigado!

O GNPS é muito importante. Ele acelera o processo de anotação, sendo fundamental quando temos que analisar conjuntos amostrais grandes.

Sim, cada cor nos nodos refere-se a uma amostra de mel diferente. O slide deveria conter essa legenda, mas achei melhor não colocar, por questão estética, acredito que ficaria muita informação. 

Adicionalmente, cada nodo exibe, na forma de gráfico de pizza, a intensidade do íon no TIC de cada amostra. Assim, a cor predominante em cada nodo indica a amostra que a apresenta maior intensidade do íon em questão.

Espero ter esclarecido duas dúvidas e estou à disposição.

Obrigado.

Oi, Fausto, obrigado!

Três flavonas foram anotadas pelo GNPS. As demais pelo NAP. Foi meu primeiro experimento utilizando fragmentações in silico para as anotações, achei fantástico o fato do NAP mostrar a metoxila em posição orto à hidroxila nas flavonas que exibiram íons m/z [M-H-16]- em seus espectros de MS/MS.

Olá, Vinícius, obrigado!

O NAP mostra vários metabólitos possíveis para um mesmo nodo. Eu utilizo a primeira estrutura do ranqueamento para a anotação. No entanto, há outras considerações para a confirmação da anotação de uma estrutura, como a ocorrência de um padrão de substituição nos congêneres da família molecular. Esta informação pode ser obtida a partir do reconhecimento de padrões de fragmentação dos congêneres previamente anotados pelo GNPS, por exemplo. É fundamental também que façamos um pesquisa detalhada dos metabólitos já descritos na espécie, gênero, tribo e família do organismo em estudo, o que ajuda muito na triagem de possíveis estruturas.  

Boa sorte com sua pesquisa!

Abraço.