Computational studies on inhibition of vivapains of Plasmodium vivax

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  • Presentation type: Apresentação de Pôster / Poster Communications
  • Track: Molecular Dynamics
  • Keywords: malária; drug design; molecular dynamics; Virtual Screening;

Authors:

  • 1 Universidade Federal do Rio de Janeiro
  • 2 Department of Physics / Auburn University

Computational studies on inhibition of vivapains of Plasmodium vivax

Mariana Simoes Ferreira

Universidade Federal do Rio de Janeiro

Abstract

Investigate the structure of the vivapains in order to find potential inhibitors for them.
Build the tridimensional structures of vivapains through Comparative Modelling
Exploring interaction sites of vivapain 4 through molecular dynamics simulations.
Identify important residues interaction by different techniques, from clustering to mixed solvents.
Virtual screening to identify ligands and further investigate its interactions with vivapain 4.

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Mariana Simoes Ferreira

Olá Rodrigo, muito obrigada!

Simulamos com este sistema pois, com a presença de grupamentos hidrofóbicos no solvente, conseguimos observar interações entre resíduos das cavidades proteicas capazes de interagir com ligantes. É uma técnica que aparece na literatura, para esse mapeamento. Com relação aos cálculos MM/GBSA não os realizamos com esse tipo sistema, apenas com os complexos proteína-ligante.

Abraços

Rodrigo Leandro Silveira

Entendi. Obrigado pela resposta, Mariana!

Author

Mariana Simoes Ferreira

Olá Guilherme, muito obrigada!

Utilizei MM/GBSA em ambas as etapas. No caso do ancoramento, escolhemos as melhores moléculas do ranking para realizar as análises de decomposição energética a partir das poses. Com elas foi possível identificarmos resíduos importantes para cada complexo, e os ligantes mais interessantes. Mantivemos as análises com essa técnica na dinâmica molecular para conseguirmos comparar mais adequadamente os sistemas.

Guilherme Duarte Ramos Matos

Obrigado!

Author

Mariana Simoes Ferreira

Olá Jorge,

Muito obrigada!