Study of the interactions between Trypsin with BTCI derived molecules

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  • Presentation type: Apresentação de Pôster / Poster Communications
  • Track: Computational Chemistry
  • Keywords: Docking; BTCI; trypsin;

Authors:

  • 1 Farmácia / UNB / Universidade de Brasília
  • 2 Universidade de Brasília

Study of the interactions between Trypsin with BTCI derived molecules

Luiz Felipe Moennich Araujo Benicio

Farmácia / UNB / Universidade de Brasília

Abstract

Inibidores contra tripsina são potenciais agente anticarcinogênico em sistemas in vivo e in vitro.
O desenho racional de peptídeos derivados de BTCI, estudo de estrutura e função, são promissores.
Foram retiradas três derivados do BTCI e otimizados com B3LYP com e sem solvente.
Por meio de Docking dos derivados com a tripsina, observamos características do sistema e seu Score.
Observamos que o Ptry9-L tem maior interação que Ptry9-D para o bolsão hidrofóbico.
Nossos resultados condizem com os dados obtidos por experimentos in-vitro

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Author

Luiz Felipe Moennich Araujo Benicio

Boa noite Frederico. Obrigado 

As simulações foram realizadas usando o pacote de automação AutoDock 4.2.6 e o software (VMD). Os parâmetros de grade foram usados ​​com os valores W = 35,28; H = 35,28; D = 26,78; X = 173,26; Y = 113,15; Z = 240,85; com espaçamento de pontos definido como 0,280., foi utilizado a forma LGA.

A área de pesquisa foi localizada no sítio ativo, em tripsina seu relacionado com His57, Asp102 e Ser195, e com outros resíduos relacionados como Ser190, Asp189 e Gly193. Os parâmetros de docking foram otimizados usando o algoritmo Lamarkian Genetic Annealing (LGA), com o número de soluções de algoritmo genético definido como 100, o número de avaliações de energia definido como 2.500000 e o tamanho da população definido como 150.

Para o modelo de solvatação, utilizamos o modelo continuo de solvente (PCM).

Author

Luiz Felipe Moennich Araujo Benicio

Boa tarde Vinicius, Obrigado pelo interesse

Nos atualmente realizamos o calculo com o funcional 6-31G, este apresentou bons resultados, assim passamos para cálculos de ONIOM dos complexos adquiridos a partir do Docking, com a intenção de maior compreensão do processo. Sendo assim, no momento otimizações com outras bases não foram cogitados.

Vinícius Bonatto

Entendi Luiz, muito obrigado pela resposta.