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Theoretical study of tautomerization mechanism and drug potential of halogenated Favipiravir compounds for COVID-19 treatment
Daniel Polisel
Universidade Federal de Lavras
Now you could share with me your questions, observations and congratulations
Create a topicDevido ao número de casos de COVID-19, surge a necessidade de desenvolvimento de novos tratamentos.
A estrutura de compostos halogenados de Favipiravir foram investigados teoricamente em nível DFT.
Cálculos de ancoragem molecular foram realizados com esses compostos e dois alvos proteicos do vírus.
As propriedades dos compostos estudados indicam-nos como potenciais fármacos para tratar a COVID-19.
Luiz Antônio Costa
Caro Daniel, parabéns pelo trabalho! Ele envolve um tema extremamente atual e relevante para a nossa sociedade.
Gostaria de entender melhor o seu trabalho. Pra mim, não ficou clara essa relação direta das interações com moléculas de água
ser tão determinante e conclusivo na tautomeria apresentada e sua relação com as propriedades inibitórias do RNA.
Muito obrigado.
Gerd Bruno Rocha
Parabéns pelo trabalho apresentado.
Vocês cogitam a possibilidade de realizar esse scan no ambiente da proteína, usando um método de QM/MM? Se sim, qual seria a estratégia?
Até mais,
Gerd Rocha
Daniel Polisel
Caro Gerd, obrigado pelo feedback do trabalho e pelo questionamento. A princípio, não temos planos de realizar tais simulações citadas, mas percebo que seria uma abordagem interessante para ser explorada no futuro possibilitando melhorar a atividade dos atuais derivados do Favipiravir. Obrigado novamente e fico à disposição para demais esclarecimentos.
Vinícius Bonatto
Olá Daniel, parabéns pelo trabalho e apresentação. Algumas dúvidas/curiosidades. Qual programa você utilizou para realizar o docking? Acredito que se você mostrasse algumas poses principais do resultado de docking poderia ficar mais fácil para analisar os resultados, pois como é conhecido, confiar nos scores obtidos por docking não é algo muito usual, devido a não consideração de entropia, solvatação, etc. Além disso eu me recordo que os testes clínicos fase 3 foram iniciados para o Favipiravir no início do ano, sabe de algo sobre esse estudo? E ainda não foi descoberto o mecanismo pelo qual o Favipiravir impede a replicação viral de alguma maneira? Obrigado!
Daniel Polisel
Caro Vinicius, grato pelo feedback do trabalho e pelos questionamentos. Quanto aos cálculos de docking, foi utilizado o AutoDock Vina, do pacote MolAr. Pelo curto tempo para a apresentação acabei não pensando na inclusão de pelo menos uma imagem das poses para ajudar a elucidar os resultados, mas irei acatar a sugestão para oportunidades futuras. Pelo que tenho de informações alguns derivados de Favipiravir ainda estão em fase de testes clínicos na União Europeia e vêm apresentando resultados promissores para pacientes infectados com sintomas moderados, porém na Rússia já existe derivados dele aprovados para a comercialização em farmácias. Quanto ao mecanismo de inibição, a literatura cita que tem fortes evidências que os derivados de Favipiravir agem realizando interações na tríade catalítica e alguns resíduos importantes do sítio ativo da RdRp, diminuindo drasticamente a capacidades desta se replicar. Espero ter esclarecido um pouco as suas dúvidas e fico à disposição.
Vinícius Bonatto
Oi Daniel, muito obrigado pelos esclarecimentos.
Lucas Modesto da Costa
Olá Daniel, excelente apresentação.
Como foram obtidas as geometrias com as moléculas de água? Foi feito o IRC ou algum outro processo de varredura?
Foi considerado um modelo de solvente contínuo, como PCM?
Daniel Polisel
Caro Lucas, obrigado pelo feedback. Sim, o método utilizado foi IRC, foi feita uma varredura alterando a distância e posição das moléculas de água e calculando a geometria de estado de transição, caracterizado por cálculos de frequência. Essas simulações foram realizadas no vácuo e também utilizando PCM. Fico à disposição para esclarecimentos.
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Daniel Polisel
Caro Luiz Antônio, grato por sua pergunta e feedback a respeito do trabalho. Foram realizados cálculos verificando a contribuição de moléculas de água na transferência do próton no processo de tautomerização. Foi observado que os sistemas que possuíam moléculas de água auxiliando na transferência do próton, transitando entre um ou outro tautômero, apresentavam maior estabilidade do que sistemas em que o próton era transferido sem o auxílio de moléculas de água, tanto com solvente explícito como implícito. Essa maior estabilidade na transferência do próton está relacionada com a formação de um tautômero que possibilite, em um determinado alvo proteico, a formação de diferentes interações intermoleculares no sítio ativo, tornando aquele tautômero mais reativo e favorecendo o processo de inibição. Espero ter esclarecido um pouco a sua dúvida. Fico à disposição para demais esclarecimentos.
Luiz Antônio Costa
Muito obrigado, agora consegui acompanhar. Mais uma vez, parabéns!