Docking de candidatos a fármacos na albumina do soro bovino.

Download
Favoritar este trabalho
Como citar esse trabalho?
Detalhes
  • Tipo de apresentação: Apresentação de Pôster / Poster Communications
  • Eixo temático: Química Computacional
  • Palavras chaves: docking molecular; Drug Discovery; BSA;

Autoras(es):

  • 1 Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Docking de candidatos a fármacos na albumina do soro bovino.

Eduardo Ramires Kuhn

Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Resumo

Os métodos computacionais no desenho racional de fármacos permitem complementar resultados experimentais e propor possíveis fármacos.
Um dos métodos utilizados é a docagem molecular, que estima a tendência de um ligante se ancorar em regiões de um receptor macromolecular1.
Uma aplicação importante é a interação entre um possível fármaco e uma proteína transportadora, como a albumina do soro bovino (BSA)2 usada por ser homóloga à albumina do soro humano (HSA), com custo inferior.
Ambas são proteínas fluorescentes, e a fluorescência da BSA é atribuída aos resíduos triptofano (TRP) TRP134 e TRP213.
O objetivo desse projeto é através de docagem molecular ligante-proteína investigar interações das moléculas de interesse com regiões que contenham TRP da BSA, complementando estudos de fluorescência de laboratórios parceiros.

Questões (5 tópicos)

Compartilhe suas ideias ou dúvidas com os autores!

Sabia que o maior estímulo no desenvolvimento científico e cultural é a curiosidade? Deixe seus questionamentos ou sugestões para o autor!

Faça login para interagir

Tem uma dúvida ou sugestão? Compartilhe seu feedback com os autores!

Autor

Eduardo Ramires Kuhn

Boa tarde Erica, muito obrigado!

Sim, foram realizadas as análises de todas as moléculas (R) e (S) das que apresentavam carbono quiral em sua estrutura. Obtivemos a mesma tendência de escores (energia de binding) mais negativos na região do TRP213 tanto para (R) e (S), notando que então a preferência não parece ser afetada pela quiralidade destes compostos, na apresentação em vídeo é possível ver nas tabelas na parte de resultados.

Interações hidrofóbicas foram mais frequentes, mas também constaram ligações de hidrogênio entre os ligantes e a BSA no sítio ligante, em sua grande maioria.

Abraço.

Erica Moreno

Muito obrigada Eduardo.

Verdade, os resultados dos isomeros "S" estão nas tabelas, verifiquei novamente.

Mais uma vez parabéns pelo seu trabalho.

Autor

Eduardo Ramires Kuhn

Boa tarde, muito obrigado! Temos interesse em investigar alguns sistemas que se mostrarem mais promissores com dinâmica molecular eventualmente.

Abraço.

Autor

Eduardo Ramires Kuhn

Olá Vinícius, muito obrigado!

Porque em nosso caso as moléculas não estavam presentes em algum banco de dados, sendo necessário construir suas estruturas. E como já partimos do pressuposto de que, eventualmente, seria interessante investigar o sistema resultante do docking por dinâmica molecular, uma boa estrutura de partida é ideal, pois permite, por exemplo, cálculo de cargas parciais adequadas (ACPYPE, por exemplo).

Abraço

Vinícius Bonatto

Entendi Eduardo, pensando em obter as cargas ai faz sentido, já que a otimização será necessária antes. Mas, a estrutura de partida que você irá utilizar na MD será de acordo com a pose do docking (nesse caso), e muito provavelmente, será diferente da estrutura otimizada no gaussian. Obrigado pela resposta.

Autor

Eduardo Ramires Kuhn

Olá Lucas, muito obrigado!

Antes da docagem é feita a otimização da estrutura do ligante com Gaussian, para ter uma boa estrutura de partida.

E sim, na docagem molecular, a conformação espacial do ligante é alterada em busca de uma "melhor acomodação" no sítio ligante (do GridBox, que é a área de busca), pontuando essa pose com escore.

Abraço.

Autor

Eduardo Ramires Kuhn

Olá Eduardo, muito obrigado!

Sim, eles foram cedidos pelos laboratórios parceiros para maior investigação pelas metodologias computacionais. Os N e F são derivados de 1,4-dihydropyridine (DHP), e o LOFINAS são híbridos de Lofina e Cinamamida através de linkers de cadeias de carbono. Havia indicativos bons da parte experimental.

Abraços.