Docking studies of naphthoquinones against SARS-CoV-2 main protease

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Details
  • Presentation type: Apresentação de Pôster / Poster Communications
  • Track: Computational Chemistry
  • Keywords: Virtual Screening; Docking; SARS-CoV-2; Naphthoquinones;

Authors:

  • 1 Universidade Federal de São João del-Rei
  • 2 Universidade Federal de Minas Gerais
  • 3 Universidade do Estado de Minas Gerais

Docking studies of naphthoquinones against SARS-CoV-2 main protease

Lucas Rolim Medaglia

Universidade Federal de São João del-Rei

Abstract

A pandemia de COVID-19 motivou esforços mundiais para o desenvolvimento racional de fármacos.

A triagem virtual baseada na estrutura do receptor está crescendo graças a bancos como o ZINC15.

Isto nos motivou a criar um banco de alvos moleculares do COVID-19 preparados para triagem virtual.

Obtivemos resultados com 100 naftoquinonas próximos aos de ligantes cristalográficos.

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Lucas Rolim Medaglia

Obrigado, quanto às perguntas, os ligantes que utilizamos são naftoquinonas disponíveis para o nosso grupo que até o momento não podemos disponibilizar. Quanto à dinâmica, sim nós pretendemos fazer dinâmica molecular nas naftoquinonas melhores colocadas ao final, foi descuido meu não ter mencionado no pôster. Obrigado pelas perguntas.

Author

Lucas Rolim Medaglia

Obrigado pela consideração, espero que esteja bem também. Realmente os resultados que pudemos apresentar até a entrega do pôster foram bem iniciais, tivemos diversos atrasos por causa do cenário atual. Como próximos passos nós estamos incluindo outros alvos de importância para o covid-19 no banco e expandindo o número de ligantes. Assim que concluirmos a etapa do banco e voltarmos a atenção para os ligantes, após a triagem, os melhores terão uma análise mais aprofundada com dinâmica molecular antes de seguirem para ensaios experimentais. Obrigado pelas perguntas.

Author

Lucas Rolim Medaglia

Obrigado. Com certeza, foi descuido meu não mencionar no pôster mas vamos submeter os ligantes melhor colocados à dinâmica molecular antes de seguir para a etapa de ensaios experimentais. Obrigado pela pergunta.

Author

Lucas Rolim Medaglia

Obrigado. As naftoquinonas que estamos utilizando vêm de projetos anteriores do grupo. A respeito da representação do sítio ativo, ainda não podemos disponibilizar estas naftoquinonas e por isso elas não foram representadas. Caso esteja se referindo à atovaquona eu representei ali as interações da melhor pose com o sítio de ligação mas vou passar a observar como posso utilizar mais representações do sítio de ligação. Inicialmente uma otimização de ligantes promissores para novas etapas não estava no escopo do trabalho, mas é certamente possível. Obrigado pela sugestão e perguntas.

Vinícius Bonatto

Entendi Lucas, muito obrigado pela resposta e esclarecimento.

Author

Lucas Rolim Medaglia

Obrigado. A minimização de energia usada no receptor foi parte da função de preparo "DockPrep" do software Chimera, ela utiliza a minimização por steepest descent seguida de conjugate gradient, enquanto a minimização utilizada nos ligantes foi através do software RunMopac que utiliza eigenfollowing. Na verdade deixei de incluir no poster por descuido mas pretendemos submeter os ligantes mais promissores à dinâmica molecular antes dos testes experimentais. Obrigado pelas perguntas.

Author

Lucas Rolim Medaglia

Obrigado. Inicialmente estamos utilizando apenas as naftoquinonas mencionadas, mas pretendemos fazer experimentos de triagem com bancos de ligantes, como o ZINC, com o desenvolvimento do nosso banco de alvos. Obrigado pela pergunta.