MONTAGEM DO GENOMA COMPLETO DA MACAÚBA (ACROCOMIA ACULEATA): DESVENDANDO AS FUNÇÕES GÊNICAS DA PRODUÇÃO DE ÓLEO

Acrocomia aculeata, como muitas palmeiras nativas da América Latina, tem grande relevância socioeconômica. Sua ocorrência se dá principalmente em áreas de vegetação aberta, sendo reconhecida por sua adaptabilidade a diversos ambientes e biomas. Para o sequenciamento de seu genoma, foi escolhida a tecnologia de nanopores da Oxford Nanopore, com extração de DNA de alto peso molecular baseada na adaptação do protocolo de Ashley Jones. O pré-processamento incluiu lavagens com sorbitol e purificação com beads magnéticas, visando obter pureza genômica com 260/280 e 260/230 de 1,8 e 2,2, respectivamente. Foram realizados quatro sequenciamentos com o equipamento P2 Solo e flowcell FLO-PRO114M, gerando 85 Gbp de dados, com um perfil de tamanho das sequências entre 7 Kbp e mais de 25 Kbp, e Q score médio de 15. Para o processamento, os sinais elétricos foram convertidos em fastq usando o modelo SUP do programa Dorado. A redução de erros foi feita com o programa HERRO, que utiliza duas redes convolucionais, diminuindo os dados para cerca de 50 Gbp. Uma biblioteca Illumina também foi gerada, resultando em 250 Gbp de paired-end reads. Foram testados três montadores Flye, Shasta e Hifiasm, com montagens variando de 1,8 a 2,1 Gbp. A correção da montagem foi feita com o Polca e o scaffolder SAMBA do pacote MASURCA, com duas iterações de correção. O N50 obtido foi de 167 Kbp, 205 Kbp e 1,1 Mbp, com 25.888, 23.929 e 4.804 contigs, respectivamente, para cada montador. A qualidade da montagem foi avaliada com a ferramenta BUSCO, resultando em 97%, 96,6% e 98,4%. A próxima etapa será o scaffolding com tecnologia Hi-C, visando uma montagem ao nível cromossômico para posteriormente realizar a anotação estrutural e funcional.