Objetivos: analisar o impacto da utilização do Prontuário Eletrônico do Paciente (PEP), comparado ao prontuário tradicional em papel, na adequabilidade do registo médico. Método: análise comparativa entre duas unidades de Assistência Médica Ambulatorial (AMA) no município de São Paulo. As variáveis utilizadas foram “Registro da Classificação Internacional de Doença (CID)” e “Exame Físico Registrado”. A AMA-caso teve o PEP implantado e foram analisados, 213 na fase pré-implantação do PEP (fase I) e 252 prontuários pós-implantação (fase II). A AMA-controle permaneceu utilizando prontuário em papel e foram analisados, respectivamente, 172 e 145 prontuários, nas fases I e II. Para a análise dos dados, foi utilizado o teste qui-quadrado de homogeneidade para amostras independentes. Resultados: Na análise basal, não houve diferença estatisticamente significativa entre as unidades no que se refere ao registro de CID. Na avaliação final, a unidade que teve o PEP implantado teve aumento significativo da proporção de conformidade no registro do CID, atingindo maior proporção de conformidade (97%) em relação à unidade sem PEP (72%). Ambas tiveram aumento significativo da proporção de adequabilidade do registro de exame físico, entretanto, na avaliação final, a qualidade do registro de exame físico na unidade caso foi superior ao da unidade controle. Conclusão: o PEP possibilita mudança significativa na forma tradicional de registro médico, o que promove a melhor qualidade do registro, com isso, desempenha papel fundamental na qualidade da assistência à saúde.