Objetivo: Relatar processo de construção de um estudo epidemiológico abordando travestis/mulheres transexuais de 12 cidades brasileiras. Método: O questionário piloto foi submetido para avaliação de lideranças e representantes de mulheres transexuais e travestis, sendo amplamente revisado. Posteriormente realizou-se uma pesquisa qualitativa (observações de campo, grupos focais e entrevistas abertas) para identificar horários/locais mais acessíveis à população, ajustar culturalmente formas de abordagem e adequar a pesquisa ao universo socio-cultural a ser acessado. Resultado: O questionário final inclui termos mais utilizados e perguntas mais relevantes para a população abordada, sem ter excluido escalas e instrumentos validados que compunham o instrumento original. As equipes locais realizaram amplo mapeamento da realidade cultural e social da população antes de iniciar o inquérito. A sensibilização e envolvimento de lideranças e representantes da população alvo facilitou a realização da pesquisa. As demandas da população foram incorporadas pelas equipes locais de diferentes formas: algumas equipes contrataram mulheres transexuais e travestis, outras estabeleceram parcerias diversas para ofertar atendimento em saúde, apoio jurídico, psicológico e social. A equipe do RJ iniciou um amplo projeto de extensão que visa oferecer curso preparatório para ENEM (“Prepara, Nem”) e ofereceu capacitação para funcionários da ENSP/FIOCRUZ. Conclusões: A parceria entre pesquisadores e representantes da população a ser abordada permitiu o aperfeiçoamento do instrumento utilizado na pesquisa, adequação das estratégias de abordagem, recrutamento e acompanhamento da pesquisa. As demandas por serviços diversos salientam a enorme exclusão e vulnerabilidade de mulheres transexuais e travestis no Brasil.