Objetivos: descrever aspectos metodológicos do Inquérito de Saúde no Município de São Paulo e comparar dados de uso de serviços de saúde segundo domínios geográficos. Métodos: estudo transversal que coletou dados por meio de entrevistas domiciliares, realizadas entre setembro/2014 a dezembro/2015, em parceria com a Prefeitura do Município de São Paulo. A amostra foi calculada com o intuito de representar domínios geográficos (coordenadorias regionais de saúde - CRS) e demográficos (sexo e idade), estratificada por conglomerados em dois estágios, setores censitários e domicílios. Foram sorteados 150 setores censitários no município, sendo 30 setores em cada CRS. Para a comparação dos dados segundo CRS, foram selecionados indicadores de uso de serviços de saúde nos últimos 15 dias e calculadas as prevalências e seus respectivos intervalos de 95% de confiança (IC95%). Resultados: foram selecionados 5942 domicílios por sorteio sistemático distribuídos entre os domínios. Considerando a realização de entrevistas na população elegível contatada nesses domicílios, a taxa de resposta foi de 0,74. No total, foram realizadas 4043 entrevistas, sendo que 18,0% (IC95%:16,5-19,4) referiram ter procurado algum serviço de saúde nos 15 dias anteriores à pesquisa. A CRS Sudeste apresentou a maior proporção e a Sul, a menor. Dentre os que procuraram o serviço nos últimos 15 dias, 56,9% (IC95%:51,8-61,6) utilizaram o SUS, com maior proporção na CRS Leste e menor na Sudeste. Conclusões: as novas informações do ISA-Capital permitem analisar áreas geográficas menores do município, importante para gestão de intervenções em saúde, bem como para o monitoramento e avaliação dos programas em andamento.