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Objetivo: Descrever a prevalência de desnutrição e fatores associados em crianças do ensino primário em áreas rurais e urbanas de Lokossa, Benin. Métodos: Estudo transversal em amostra probabilística de 615 alunos (348 meninos e 267 meninas) com idades entre 8 e 17 anos, que frequentavam escolas primárias entre dezembro de 2018 e janeiro de 2019. Magreza e baixa estatura foram definidas como Altura para a idade (HAZ) e IMC para idade (BAZ) <-2 desvios padrão, respectivamente. A regressão logística binária foi usada para identificar os fatores ajustados ao gênero associados à magreza e baixa estatura. Resultados: A prevalência de magreza e baixa estatura foi de 13% (IC95%: 8,9-18,0) e 26% (IC95%: 26,0-31,0), respectivamente. As chances de magreza foram maiores entre os alunos mais velhos (>15 anos) e que passaram fome na escola. As chances de baixa estatura aumentaram com a idade, baixa diversidade da dieta (OR: 1,79; IC95%: 1,07-2,98), passar fome na escola (OR:2,68; IC95%:1,19-6,04) e ter merenda escolar cinco dias por semana (OR:2,09; IC95%:1,29-3,36). A escolaridade materna universitária diminuiu a chance de baixa estatura (OR:0,36; IC95%:0,18-0,70). Conclusão: Os resultados revelam altas prevalências de desnutrição, sendo o déficit estatural o problema mais comum. A desnutrição foi mais comum entre os alunos mais velhos e aqueles com privação alimentar ou dieta pobre em diversidade. Os achados enfatizam a necessidade de intervenções com o objetivo de melhorar o estado nutricional e prevenir a desnutrição neste subgrupo populacional.
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