O câncer de esôfago (ESCA) é responsável por mais de 500.000 mortes por ano no mundo, sendo a
sétima neoplasia maligna mais comum entre os homens e a nona entre as mulheres no Brasil. Estudos
de transcriptômica são ferramentas valiosas para identificar assinaturas de genes que possam ser
utilizadas como biomarcadores e alvos terapêuticos. Já foram identificados vários genes potenciais
como biomarcadores e alvos terapêuticos para o ESCA, incluindo TP53, CDKN2A, EGFR, ERBB2,
MYC, CCND1, entre outros. A correlação entre as assinaturas gênicas e a desdiferenciação
oncogênica com potencial estaminal é uma métrica importante para identificar novas estratégias
terapêuticas e prever o curso da doença. É fundamental identificar genes diferencialmente expressos
em ESCA, sejam hipo ou hiper expressos em relação ao tecido normal, para entender melhor a
biologia da doença e desenvolver novas terapias personalizadas para o tratamento do ESCA. Neste
estudo, identificamos genes diferencialmente expressos entre ESCA e três regiões anatômicas de
esófago normal: músculo, mucosa e a junção gastroesofâgica. Os níveis de expressão foram extraídos
dos bancos de dados do Atlas do Genoma de Câncer (TCGA) e Genotype-tissue expression (GTEx)
para tecido normal. Utilizamos programação Appyter para identificar genes com expressão diferencial
(log2FC ≥ 3 (hiperexpressos) ou ≤ -3(hipoexpressos)) na plataforma UCSCXena. Implementarmos
códigos em R para extrair dados dos genes únicos em cada análise pareada (ESCA-músculo, ESCAmucosa, ESCA-junção gastroesofâgica) que exibem hiper ou hipoexpressão diferencial. Os genes
únicos em cada comparação foram utilizados para identificar assinaturas gênicas que se
correlacionam com o potencial estaminal e a sobrevida dos pacientes, utilizando as funções de
programação R da aplicação UCSCXenaShiny. Identificamos 133, 380, 130 genes únicos e
diferencialmente hipoexpressos nos três domínios anatômicos e 106, 88, 292 genes únicos
hiperexpressos, respectivamente. A maioria das assinaturas gênicas foram negativamente
correlacionadas com o potencial estaminal (62/72) em 33 tipos de câncer (Spearman, Rho < -0.7, p <
0.05) tanto para os genes hipo quanto hiperexpressos. O número de componentes nas assinaturas
variou de um a 1 a 124. Em ESCA, somente a hipoexpressão do RCAN2 foi correlacionada
negativamente com o potencial estaminal. Esse gene não teve valor prognóstico quanto à sobrevida
dos pacientes. A correlação negativa entre a expressão das assinaturas identificadas com o potencial
estaminal sugere que as assinaturas têm efeito promotor e preventivo na desdiferenciação
oncogênica.