A produção de farinha gera como efluente a manipueira, com elevada concentração de matéria orgânica e nutrientes, aspectos que lhe conferem potencial de aproveitamento seja como fonte de bioenergia ou fertilizante. A caracterização da manipueira e estudos de biodegradabilidade anaeróbia, sobretudo com diferentes inóculos ainda são escassos. Objetivou-se nesta pesquisa caracterizar físico-quimicamente manipueiras e realizar análise quimiométrica (ACP) para identificação das espécies e possíveis correlações entre os parâmetros de caracterização. Foram analisadas 26 casas de farinha em Pernambuco, Bahia e Piauí. Por meio da ACP pôde-se observar a variabilidade das características físico-químicas da manipueira, que em algumas amostras se destacam por variáveis como AGV e pH e em outras por CN e P. No caso de se priorizar variáveis mais relevantes ou que melhor representem a caracterização da manipueira seriam indicadas as que se destacaram na CP1, AGV e P.