O desequilíbrio entre contêineres cheios e vazios nas operações portuárias, e, de transporte realizado pelas companhias na shipping contêiner industry, denominado de imbalance, está ligado diretamente ao comércio exterior e consiste num dos principais desafios logísticos na era da conteinerização. O presente artigo objetiva analisar o desempenho dos terminais portuários catarinenses especializados em contêiner, nos Portos de Itajaí e São Francisco do Sul, e, nos terminais privativos da Portonave e de Itapoá, a partir do imbalance, no período de 2001 a 2016. Nesse sentido, destacam-se aspectos relacionados ao desenvolvimento da conteinerização no mundo e no Brasil, com demonstração da importância do imbalance para as operações de transporte marítimo e portuária, e, seu impacto na infraestrutura e operações dos terminais portuários especializados em contêiner. Com relação aos procedimentos metodológicos, utilizou-se abordagem quantitativa, com método de estudo de caso múltiplo, por intermédio de pesquisa descritiva com utilização de dados secundários obtidos em pesquisa bibliográfica em sites, artigos e dados estatísticos portuários coletados nos bancos de dados da ANTAQ e, de comércio exterior brasileiro coletados junto ao MDIC. Os resultados foram obtidos por intermédio da análise de conteúdo e apontam evidências da relação entre o desenvolvimento da conteinerização em Santa Catarina, e, o aumento dos fluxos de comércio exterior brasileiro, com impacto significativo na alteração do imbalance observado nos terminais catarinenses analisados, com reflexo direto na operação e infraestrutura de movimentação e armazenagem de contêineres cheios e vazios, bem como, na receita dos terminais. A análise também demonstrou uma concentração na movimentação de contêineres reefer cheios na exportação e de vazios na importação, muito acima da média relacionada à proporção da frota mundial de contêiner reefer e dry.