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As malformações congênitas (MFC) incluem anormalidades de origem pré-natal podendo acometer um ou mais sistemas orgânicos, tendo causas multifatoriais, e suas taxas de incidência são indicadores de saúde de uma população. Nesse estudo o objetivo foi analisar as taxas de incidência de MFC do Brasil, no período de 2000 a 2016. Trata-se de um estudo ecológico misto, com análise de série temporal em múltiplos agregados. Foram calculadas as taxas MFC no Brasil, macrorregiões e unidade federativas. O modelo de análise linear generalizado de Prais-Winsten e o cálculo da Annual Percente Change (APC) foram utilizados para avaliar a tendência temporal. Foi observado um aumento percentual anual médio no Brasil de 9,5% (IC95% = 7,4 ; 11,6%) e também um aumento nas taxas de todos os agregados estudados no período entre 2000 e 2016, sendo registrado maior ocorrência no Nordeste (APC=13,7% , IC 95%=10,3% ; 17,1%). Esse aumento pode ser consequência tanto o aumento no número de diagnósticos de malformações congênitas como também da melhoria das suas notificações no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS). Os resultados desta pesquisa indicam a necessidade de estudos epidemiológicos sobre as malformações congênitas para direcionar políticas de saúde, visando a prevenção e redução das taxas das malformações congênitas no Brasil.
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