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Iphisa é um gênero de lagarto, monotípico, com duas subespécies Iphisa e. elegans GRAY, 1851 e Iphisa e. soinii, DIXON, 1974. Contrastando com sua ampla distribuição amazônica, apresenta morfologia externa conservada. Nunes et al. (2012), com dados hemipenianos e genéticos, identificaram cinco linhagens indicando uma diversidade não descrita para o gênero. Visando ampliar amostragens anteriores, apresentar uma hipótese filogenética e adequar a taxonomia, foram analisados 25 caracteres morfológicos e 71 hemipênis de 766 espécimes e marcadores mitocondriais (16S; Cytb) e nucleares (C-MOS; PRLR). Com base nas árvores geradas por inferência Bayesiana e em evidências morfológicas, cinco Unidades Taxonômicas Operacionais (UTO) foram propostas: UTO1 (Noroeste da América do Sul); UTO2 (Sul da Amazônia); UTO3 (Equador/margens do Rio Putumayo-Içá); UTO4 (Amazônia central); UTO5 (Peru/Acre). Análises de variância apontam diferenças em tamanho, distinguindo as UTOs 1 e 2, mas não distinguem as UTOs 3, 4 e 5. O número de supralabiais diagnosticam a UTO4; poros femorais e escamas ventrais as UTOs 2, 3 e 5 e a ausência de pré-frontais a UTO5. As UTOs 1 e 5 apresentam morfotipos hemipenianos exclusivos. Dessa forma genética e morfologia (caracteres morfométricos, merísticos ou categóricos) suportam as cinco UTOs propostas, sendo assim consideradas espécies plenas. Três dessas UTOs necessitam à atribuição de novos nomes; o nome Iphisa elegans fica associado à UTO4 e Iphisa soinii fica associada à UTO5. Mesmo com uma variação sutil, os resultados corroboram a diversidade críptica do gênero, revelando três novos táxons e a elevação de Iphisa e. soinni à categoria de espécie.
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