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O gênero Pithecopus é composto por espécies com taxonomia complexa, com sobreposição interespecífica de variação morfológica, inclusive em caracteres tradicionalmente utilizados como diagnose, o que pode levar a identificações incorretas no grupo. A aplicação de ferramentas moleculares incorporadas a outros tipos de caracteres possibilita a descrição de novas espécies e o esclarecimento de incertezas taxonômicas. O objetivo deste trabalho foi testar a eficiência do marcador mitocondrial citocromo b (cyt-b) na recuperação das espécies descritas no gênero Pithecopus. As sequências de DNA foram obtidas de amostras de tecidos e sequências do GenBank, totalizando 108 indivíduos com ampla distribuição na América do Sul. Um dendrograma foi gerado a partir das distâncias corrigidas usando o método Neighbor-Joining e o cálculo das distâncias evolutivas intra e interespecíficas foi feito através do modelo Kimura 2-parâmetros. Os resultados demonstram que o cyt-b recupera todas as espécies descritas do gênero. As médias das distâncias intra e interespecíficas foram de 0,023 e 0,159, respectivamente. As distâncias interespecíficas das espécies P. ayeaye, P. centralis e P. oreades sobrepuseram alguns valores de distância intraespecífica, indicando a especiação recente dessas linhagens. A presença de clusters alopátricos e as altas distâncias intraespecíficas recuperadas para P. nordestinus, P. hypochondrialis e P. azureus indicam que estas espécies podem representar complexos de espécies crípticas. Esse trabalho reforça a necessidade de mais estudos sobre a taxonomia e filogeografia do gênero e o aprimoramento dos métodos de identificação das espécies, visto que identificações incorretas podem trazer problemas na conservação desses grupos.
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