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A região da Fazenda Trijunção, situada no oeste baiano e na transição Cerrado-Caatinga, é um refúgio de estabilidade climática do Cerrado altamente ameaçado pela intensa atividade agrícola. Nós avaliamos os répteis registrados nessa região com base na literatura e nossas próprias coletas. Ainda, nós revisamos os topônimos da viagem de Spix e Martius, os primeiros naturalistas a amostrarem a região. Nós registramos 48 espécies de répteis na área da Fazenda Trijunção (1 jacaré, 5 anfisbênias, 18 lagartos e 24 serpentes, 14 exclusivas da Fazenda), quase 50% das espécies de répteis conhecidas para região (oeste da Bahia e o extremo noroeste de Minas Gerais). Das 100 espécies conhecidas para a região da Trijunção, 2 são jacarés, 3 tartarugas, oito anfisbênias, 30 lagartos e 57 serpentes. Destas, 58% são generalistas de hábitat e 36% são especialistas (20 espécies de savanas e 10 de florestas). Além disso, 53% são de ampla distribuição, 33% endêmicas do Cerrado, 4% da Caatinga e 9% ocorrem em ambos. A região da Trijunção apresenta elevados valores de riqueza e endemismo de lagartos, serpentes e anfisbênias comparada a outras localidades do Cerrado ou Caatinga. Isso pode ser explicado pela sobreposição das distribuições de espécies do Cerrado e da Caatinga, bem como pela alta estabilidade climática. Dessa forma, a região da Trijunção deve ser considerada de alta prioridade para a conservação.
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