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O sequenciamento de nova geração tornou possível a coleta de dados em escala genômica para estudos evolutivos em inúmeros taxa. Isso vem revolucionando inferências filogenéticas, aumentando a resolução da relação entre espécies que antes eram incertas ou limitadas pela pouca informação de poucos genes. Usando lagartos Enyalius como grupo modelo para testar a adequabilidade de inferências filogenéticas usando RADseq, nós estimamos as relações evolutivas entre todas as espécies desse gênero incluindo diversas populações para cada espécie visando corroborar a diversidade críptica encontrada em estudo anterior com sequenciamento Sanger tradicional. Utilizando >70000 polimorfismos genéticos (SNPs), nosso estudo mostra alto suporte para a divisão do gênero em dois grandes clados: um composto por sete espécies ocupando o norte da Mata Atlântica e matas de galeria do Cerrado, outro composto por 6 espécies ocupando o sul da Mata Atlântica e o oeste da Amazônia. Nosso estudo confirma as duas espécies crípticas identificadas anteriormente. Ainda, as relações filogenéticas mais basais entre clados mostraram-se um pouco diferentes das relações anteriormente obtidas e pode ser resultado da nossa maior quantidade de dados em diferentes partes do genoma aumentando a resolução de relações antes pobremente suportadas. Por exemplo, Enyalius leechi (espécie amazônica) foi agrupada com alto suporte com espécies do sul da Mata Atlântica corroborando conexões biogeográficas entre o sul da Mata Atlântica e o oeste da Amazônia, diferentemente do padrão anteriormente encontrado. Nosso estudo demonstra que RADseq pode ser uma importante ferramenta para determinação de relações filogenéticas mais robustas a nível de populações e espécies.
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