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A Floresta Amazônia detém uma imensa diversidade de anuros ainda desconhecida, em parte devido à extensão e complexidade ambiental desse bioma e a ocorrência de espécies crípticas. Em uma revisão taxonômica recente com base em caracteres fenotípicos e moleculares, o complexo de espécies Boana calcarata-fasciata foi subdividido em seis espécies, sendo quatro espécies novas e diversas candidatas. Porém, tal revisão não empregou amostragem para Amazônia brasileira, indicando que a diversidade do grupo na região permanece negligenciada e possivelmente subestimada. Este trabalho teve como objetivo ampliar o conhecimento sobre as relações filogenéticas das linhagens do complexo de espécies B. calcarata-fasciata com enfoque na Amazônia brasileira, para investigar a existência de diversidade críptica no grupo. Assim, analisamos a variação genética do gene mitocondrial 16S de 134 indivíduos de seis países, sendo 95 do Brasil. Conduzimos as análises filogenéticas por critérios de Inferência Bayesiana e Máxima Verossimilhança. O resultado evidenciou uma maior diversidade e número de unidades evolutivas dentro do complexo de espécie do que foi observado anteriormente. A árvore apresenta dois clados amplamente distribuídos bem suportados, onde recuperamos todas as linhagens encontradas na revisão recente, sem evidência de parafilia, e detectamos pelo menos oito clados novos dentro do complexo com altos valores de suporte. Todos estes novos clados ocorrem somente no território brasileiro e podem representar novas espécies, indicando alta diversidade críptica. Futuramente, a ampliação das análises moleculares, investigação fenotípica e análises explícitas de delimitação de espécies elucidarão as relações filogenéticas e os limites geográficos de distribuição das espécies do complexo.
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