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A estrutura das comunidades aquáticas em estuários é influenciada por interações tróficas que variam em função do uso do habitat, da disponibilidade de recursos e das estratégias alimentares das espécies. Assim, este estudo teve como objetivo analisar a estrutura trófica no estuário do rio Paraíba do Sul (RJ), considerando a posição na coluna d’água (demersais, bento-pelágicos e pelágicos) e os hábitos alimentares (carnívoros, ictiófagos, onívoros e zooplanctívoros) de sete espécies de peixes e duas de crustáceos. As espécies de peixes foram Lycengraulis grossidens, Anchoviella lepidentostole, Leporinus copelandii, Genidens genidens, Centropomus undecimalis e de crustáceos Callinectes bocourti e Macrobrachium acanthurus. As coletas ocorreram no período chuvoso de 2010 (março e abril) e de 2011 (janeiro a fevereiro) no estuário interno de Atafona, São João da Barra, RJ. A amostragem utilizou redes de espera de fundo (25 m x 3 m) com malhas de 20, 30 e 40 mm, submersas por 24 horas. As amostras foram conservadas em gelo no campo e freezer no laboratório. Após identificação taxonômica, mediu-se comprimento total (CT) e peso total (PT). O tecido muscular foi coletado, pesado, armazenado em freezer a -18 °C, liofilizado, macerado e preparado para análises elementares (C e N) e isotópicas de carbono (δ¹³C) e nitrogênio (δ¹⁵N), em um analisador elementar acoplado a espectrômetro de massas de razão isotópica. As análises estatísticas foram conduzidas no R (pacote SIBER) e Excel. A relação positiva e significativa entre δ¹⁵N e δ¹³C (R² = 0,4; p < 0,001) mostrou que a posição na coluna d’água e hábito alimentar são determinantes na estrutura trófica. A razão (C:N)a foi < 3,5 para todos os táxons. Peixes carnívoros tiveram valores mais elevados de δ¹⁵N (14,0 ± 0,7‰) e δ¹³C (-18,5 ± 1,7‰), e maior área total isotópica (AT = 13,0‰²), explorando diversos recursos. Os ictiófagos com valores elevados de δ¹⁵N (13,2 ± 0,7‰) e δ¹³C (-19,4 ± 2,3‰), e a maior área de nicho corrigida (SEAc = 4,6‰²), sugerem diversidade trófica representativa dentro do grupo. O δ¹⁵N dos onívoros e zooplanctívoros foram semelhantes (11,9 ± 0,3‰ e 11,8 ± 0,5‰, respectivamente) e o δ¹³C para onívoros, o menor (-21,9 ± 1,0‰), já o δ¹³C dos zooplanctívoros, intermediário (-19,0 ± 0,7‰). Crustáceos carnívoros e onívoros tiveram δ¹⁵N semelhantes (11,9 ± 0,5‰ e 11,5 ± 0,6‰, respectivamente), e δ¹³C intermediário (-20,1 ± 2,6‰) e maior (-22,3 ± 1,5‰), respectivamente. Crustáceos carnívoros exibiram a maior SEAc (6,65‰²) e os onívoros, maior AT (8,4‰²). Em relação a posição na coluna d’água, os demersais apresentaram maiores valores de δ¹⁵N (14,2 ± 0,4‰) e δ¹³C (-17,7 ± 0,6‰) e pelágicos maior AT e SEAc (19,7 e 6,0‰², respectivamente). Peixes carnívoros tiveram relação de δ¹³C e δ¹⁵N com CT (R² = 0,6; p < 0,001 e R² = 0,4; p < 0,001, respectivamente), em contraste com o PT (R² = 0,2; p = 0,043 e R² = 0,2; p = 0,026, respectivamente). Ictiófagos indicaram relação de δ¹³C com CT e PT (R² = 0,6; p < 0,001, para ambos). Zooplanctívoros mostraram relação entre δ¹³C e PT (R² = 0,5; p = 0,031). Crustáceos carnívoros mostraram relação entre δ¹³C e CT (R² = 0,8; p = 0,035), e onívoros entre δ¹³C e PT (R² = 0,2; p = 0,025) e δ¹⁵N e CT (R² = 0,2; p = 0,023). Dessa forma, evidenciou-se que a posição na coluna d’água, hábitos alimentares e o crescimento influenciam a estrutura trófica, com variações isotópicas ao longo do desenvolvimento corporal de peixes e crustáceos.
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