As anomalias craniofaciais ocasionam comprometimentos estéticos e funcionais com grande impacto na saúde e na integração social da criança, com interferência no desenvolvimento global e social. Conhecer as habilidades funcionais e o impacto destas no desenvolvimento global de crianças com EOAV e FLP pode otimizar o desenvolvimento de programas de prevenção e intervenção para promover a saúde e a integração social destes indivíduos. O objetivo foi verificar e comparar o desempenho em habilidades funcionais quanto ao desempenho nas áreas de autocuidado e função social e nível de independência entre crianças com EOAV, crianças com FLP e um grupo comparativo, de crianças sem anomalias. A casuística foi 39 pais/responsáveis de crianças na faixa etária entre três anos e sete anos e seis meses, de ambos os gêneros. O instrumento para coleta dos dados das habilidades funcionais foi o PEDI- versão para o português. Para as análises estatísticas foram consideradas as pontuações bruta e normativa proposta pelo PEDI. Os resultados deste estudo na análise comparativa na assistência do cuidador no autocuidado, houve diferença estatisticamente significante na comparação entre os grupos GC vs GEEOAV, no escore normativo.Na assistência do cuidador na função social houve diferença estatisticamente significante na comparação entre os grupos GC vs GEFLP, no escore normativo.