A síndrome de má absorção (SMA) em aves caracteriza-se por crescimento retardado de penas, diarreia, menor consumo de ração, e perda de peso, levando à desuniformidade do lote e refugagem dos animais, e consequentemente em baixos índices de eficiência produtiva (IEP). O IEP é o principal indicador para mensurar o desempenho zootécnico de um lote de frangos de corte, que utiliza os parâmetros ganho de peso diário (kg), viabilidade (%) e conversão alimentar para medir a eficiência produtiva. O rotavírus (RV) é apontado como um dos vírus entéricos possíveis causadores da SMA. O genoma do RV é constituído por onze segmentos de RNA fita dupla e é classificado em oito espécies distintas (A-H), sendo A, D, F e G capazes de infectar as aves. O objetivo deste trabalho foi investigar a ocorrência do rotavírus aviário (AvRV) em lotes com diferentes IEP. Foram selecionados 12 lotes de aviários comerciais do município de Palotina. A densidade dos lotes variou entre 12 a 15,6 aves/m² e foram estratificados de acordo com o IEP e classificados pela cooperativa: bom (n=4); regular (n=4); e ruim (n=4). Totalizaram 278 amostras fecais de pintainhos com idade entre 7 e 14 dias, das quais 256 eram provenientes de pintainhos refugos e 22 de aves aparentemente saudáveis (grupo controle). As amostras foram submetidas à extração do ácido nucléico utilizando a associação das técnicas fenol clorofórmio/ álcool-isoamílico e sílica tiocianato de guanidina. Em seguida, os produtos extraídos foram submetidos à eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA) 7,5% e corados com nitrato de prata. Para análise estatística foi utilizado o software Epi-Info versão 6.04, aplicando o teste do qui-quadrado e nível de significância p<0,05. Das 278 amostras avaliadas, 61 (21,94%) revelaram-se positivas na EGPA, e onde foi possível a identificação das espécies A, D e F de AvRV. Destas positivas, 11 pertenciam a lotes com IEP bom; 20 IEP regular e 30 IEP ruim. Apenas duas amostras do grupo controle foram positivas. A maior frequência de AvRV foi estatisticamente significativa (p<0,05) no lote ruim, quando comparada com os lotes de IEP regular e bom. No entanto, não houve diferença estatística entre os lotes regular e ruim. Este estudo confirmou a presença do AvRV nos lotes aviários amostrados e a possível relação do vírus com a síndrome da má absorção e baixos índices de desempenho zootécnico produtivo.