Estudos que visem desenvolver métodos de controle de patógenos com enfoque no uso de microrganismos endofíticos têm ganhado espaço no cenário científico. Alguns desses estudos descrevem a microbiota endofítica de Theobroma cacao, no entanto é escassa a bibliografia sobre o isolamento de microrganismos a partir de sementes da planta. O objetivo desse estudo foi isolar e caracterizar os fungos endofíticos isolados de sementes de cacau. Os frutos foram obtidos de três plantios localizados no Município de Altamira-PA. As sementes foram lavadas com água corrente, submetidas à assepsia superficial (etanol 70% por 1 min, solução de hipoclorito de sódio 2,5% por 2 min, etanol 70% por 1 min e dois enxágues em água destilada estéril) e fragmentadas com lâmina de bisturi estéril. Três fragmentos foram adicionados em placas de petri contendo meio Batata Dextrose Ágar acrescido de ceftrioxona dissódica (100µg/mL) e incubadas a 28°C por até 15 dias, em triplicata. As colônias foram então purificadas, caracterizadas morfologicamente e foi realizado o microcultivo visando a identificação dos mesmos. Foi também avaliada a velocidade de crescimento vegetativo dos isolados através da determinação do diâmetro da colônia diariamente. A diversidade de isolados das sementes demonstrou-se mais baixa quando comparada com dados da literatura para outros órgãos da planta. Foram isolados 22 endófitos. Os grupos morfológicos foram separados conforme coloração e grupo de crescimento. As tonalidades dos micélios variaram nas cores branca, amarela, cinza, marrom e verde. Através do microcultivo, observou-se o predomínio de hifas septadas, hialinas, e conídios catenulados, esféricos, lisos ou equinulados. Com relação ao crescimento os endófitos foram classificados didaticamente em 3 grupos: A) de crescimento lento, que atingem 10cm de diâmetro em 8 dias; B) de crescimento mediano, que atingem 10cm de diâmetro em 5 dias; e C) de crescimento rápido, que atingem 10cm de diâmetro em 3 dias. Os endófitos isolados são sugestivos dos gêneros Fusarium, Penicilium, Trichoderma, Aspergillus e Colletotrichum. A técnica utilizada para o isolamento de fungos endofíticos do cacaueiro é útil na prospecção de microrganismos com potencial biotecnológico. Observa-se uma relação ecológica possivelmente estável, pois isolados com mesmas características foram obtidos em diferentes plantios.