MOLECULAR MECHANISM ACCOUNTING FOR CRLF2 OVEREXPRESSION IN ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKAEMIA

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  • Presentation type: Pós-Doutorado
  • Track:
  • Keywords: gene expression; CRLF2; lncRNAs; B-ALL;
  • 1 Division of Clinical Research, Instituto Nacional de Câncer José Alencar Gomes da Silva (INCA), Rio de Janeiro, Brazil
  • 2 Division of Clinical Research / Research Centre / INCa (Instituto Nacional de Câncer)
  • 3 Bioinformatics and Computational Biology Laboratory, Research Centre, Instituto Nacional de Câncer – INCA, Rio de Janeiro, RJ, Brazil
  • 4 Division of Clinical Research, Research Centre, Instituto Nacional de Câncer – INCA, Rio de Janeiro, RJ, Brazil
  • 5 Pesquisa Clínica / INSTITUTO NACIONAL DE CANCER / Instituto Nacional de Câncer

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Abstract

INTRODUCTION AND OBJECTIVES: CRLF2 overexpression (CRLF2-over) has been associated with unfavourable prognosis in acute lymphoblastic leukaemia (ALL) cases. In B-cell precursor ALL (B-ALL), the presence of CRLF2 rearrangements (CRLF2-r) and CRLF2 F232C mutations can explain half of the cases with this gene overexpression. Nonetheless, the mechanism accounting for the other 50% of cases lacking CRLF2 abnormalities is still unknown. Recent studies have suggested that long non-coding RNAs (lncRNAs), including intergenic lncRNAs (lincRNAs), play a role in the development and progression of leukaemia and can interfere in the transcriptional regulation of protein-coding genes. In this scenario, we hypothesise that the dysregulation of lncRNAs might be a potential mechanism behind CRLF2-over in B-ALL patients. MATERIAL AND METHODS: We included 126 diagnostic B-ALL cases from TARGET cohort and characterised their molecular profile based on WGS and RNA-seq data. The Limma voom package was used for identifying the differentially expressed (DE) lincRNAs in CRLF2-overexpressing patients based on their adjusted p-value (p < 0.05). Potential functions of DE lincRNAs were determined by using the online databases RNA Encyclopedia of RNA Interactomes (ENCORI, http://starbase.sysu.edu.cn/) and RNA-Protein Interaction (RPISeq, http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/). Association analyses were also conducted using Wilcoxon test and p-value<0.05 were considered significant. GRCh37 - hg19 was used as reference genome throughout the analyses. RESULTS AND CONCLUSION: The DE analysis of 6,200 lincRNAs identified 3 up- and 4 down-regulated lincRNAs in CRLF2-high compared to CRLF2-low patients. RPISeq prediction showed a high probability of interaction, up to 0.85, between up-regulated lncRNAs (MIR146A and RP11-1134I14.8) and CRLF2 protein sequence. Genome-wide mapping of B lymphocyte cell line - GM12878 - revealed that chromatin markers within +/−10 kb of MIR3142HG TSS region with enhancer characteristics. Additionally, we observed similar TFBS for TBP, BCL11A and FOXM1 in the promoter region of both MIR3142HG and CRLF2. These transcription factors (TFs) were previously reported as altered within CRLF2-associated sub-network displaying significant activity in CRLF2-high patients. These preliminary results are part of an ongoing investigation, therefore these initial findings suggest a potential mechanistic role for these DE lncRNAs. In conclusion, our data will expand the understanding of CRLF2 gene expression regulation.

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Thayana da Conceição Barbosa

Oi Luciana, obrigada! Sim! Temos como perspectiva a construção de uma rede de interação entre os lncRNAs que encontrei como diferencialmente expressos e seus genes alvo, bem como avaliar a sua relação com os alvos já apontados por interagirem diretamente com CRLF2. Neste momento, estamos procurando entender os mecanismos que possam explicar a desregulação de CRLF2, mas em paralelo realizamos a caracterização de amostras de pacientes para futuramente validar os achados e poder correlacioná-los com variáveis clínicas, incluindo o impacto no prognóstico. Até o momento, não encontramos trabalhos que tenham explorado o papel de lncRNAs na regulação de CRLF2.

Luciana Souza de Paiva

Oi Thayana. Obrigada pelos esclarecimentos. Sucesso com o seu trabalho!
Author

Thayana da Conceição Barbosa

Olá Giselle, boa tarde! Obrigada! Ainda não existe descrição sobre a relação de lincRNAs com a desregulação de CRLF2. Hipotetizamos que algum lincRNA poderia estar atuando na regulação deste receptor fazendo um paralelismo com achados de estudos de LMA e outros tipos de câncer, nos quais lncRNAs são descritos por atuar na desregulação genica (direta ou indiretamente) e também por impactarem no prognóstico de alguns subtipos específicos de LLA-B (como a LLA-B ETV6-RUNX1 positivo). Os dados da linhagem GM12878 foram utilizados apenas para testar uma possível interação entre o lincRNA MIR146A e CRLF2, atraves da interação com fatores trancricionais apontados como potenciais alvos de CRLF2. Mas a mesma não possui CRLF2 superexpresso. Os dados disponíveis para linhagens com superexpressão são escassos. Por isso, estamos realizando ensaios de ChiP-Seq utlizando linhagens com superexpressão de CRLF2, que caracterizamos previamente, para poder avaliar estas interações no contexto CRLF2-high. Sim! É uma casuística robusta e bem caracterizada. Tenho ate final de Janeiro para conduzir esta etapa.
Author

Thayana da Conceição Barbosa

Oi Giselle, desde o primeiro ano do meu pós-doc tenho realizado a caracterização da coorte do TARGET, utilizando dados abertos e já processados de RNA-seq e WGS, contando com o apoio de duas alunas que fazem parte do projeto em questão. Realizei as análises de expressão diferencial com estes mesmos dados. Os experimentos com linhagens que citei no tópico anterior tambem estão sendo conduzidos por mim. Contei com a colaboração do grupo liderado pela Dra Mariana Boroni para o download inicial dos dados, para o processamento de dados brutos, e agora para a orientação na construção das redes de interação.