GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDIES IN ENDOMETRIOSIS: NEW MOLECULAR TARGETS

Vol 1, 2020 - 131298
IC - Undergraduate Students
Favorite this paper
How to cite this paper?
Abstract

INTRODUCTION AND OBJECTIVES: Endometriosis is a gynecological disease with a high frequency in the population, usually causing severe and disabling symptoms, leading women to have a low quality of life and high social and economic costs. Despite being considered a benign disease, studies have supported that women with endometriosis may have an increased risk of developing epithelial ovarian cancers. It is a complex and heterogeneous disease in which extrinsic and intrinsic factors, such as genetics, contribute to their development. Genome-wide association studies (GWA) may be essential to find genetic variants associated with the risk of endometriosis. However, in the current literature, there are some conflicting results between these studies. Thus, the aim of the present study was to conduct a systematic review of GWA studies in endometriosis, to describe the genes associated with the disease and single nucleotide polymorphisms (SNPs), and to discuss possible conflicting results between these studies. MATERIAL AND METHODS: This study is a systematic review of GWA studies in endometriosis published until December 31th, 2019 by PubMed database, considering the following descriptors: endometriosis and (“polymorphism” or “SNP” or “genetic polymorphism" or “variants” or “locus”) and (“GWA” or “Genome-wide” or “Genome wide” or “Genetic association study”). The included studies were analyzed with methodological rigor (STROBE and PRISMA) to enable better quality of case-control and meta-analysis studies, respectively. RESULTS AND CONCLUSION: Of the 88 articles found, only 15 were eligible. All articles had adequate quality assessed by the STROBE and PRISMA checklists (77% and 81%, respectively). In total, 35,022 cases of endometriosis and 181,760 controls were analyzed. The number of participants in each study was quite different (171 to 17,045 for cases and 308 to 150,021 for controls), with a predominance of European ethnicity. Most endometriosis cases (86%) were diagnosed by surgery, while selection of the control group was different among studies. Eleven genes/SNPs were associated with endometriosis risk in more than one article (chromosome 1, 2, 6, 7, 9 and 12; WNT4, GREB1, FN1, IL1A, ETAA1, RND3, ID4, NFE2L3, CDKN2B-AS1 and VEZT). SNPs were localized in intergenic and intronic regions, their risk allele frequencies varied among the studies and their results were conflicting. In conclusion, WNT4 rs7521902, GREB1 rs13394619, FN1 rs1250248, IL1A rs6542095 and VEZT rs10859871 variants are highlighted due to high frequency and pathways and function that each gene influences in the development of endometriosis. However, the replication and validation of these variants in different populations are necessary for a better understanding of the endometriosis etiopathogenesis, in order to optimize the diagnosis and improve the efficiency of clinical treatment of the disease.

Questions (2 topics)

Share your ideas or questions with the authors!

Did you know that the greatest stimulus in scientific and cultural development is curiosity? Leave your questions or suggestions to the author!

Sign in to interact

Have a question or suggestion? Share your feedback with the authors!

Author

Isabelle Alves

Olá Paula, boa tarde. Obrigada pelo interesse no trabalho. 

Inicialmente foram encontrados 88 publicações por meio da estratégia de busca com palavras chaves endometriose e (“polimorfismo” ou “SNP” ou “polimorfismo genético” ou “Variantes” ou “locus”) e (“GWA” ou “todo o genoma” ou “todo o genoma” ou “Genético estudo de associação). De todos esses artigos, 54 deles não realizaram um GWA em endometriose, 8 eram estudos de revisão e 10 estudos de replicação, portanto foram removidos.

Sobre sua pergunta de quais foram os critérios utilizados pelos 7 estudos casos-controle para a seleção dos controles foi a seguinte: 29% usaram mulheres com outras doenças; 43% usaram mulheres com diagnóstico negativo de endometriose após cirurgia; 14% usaram mulheres com diagnóstico negativo de endometriose por imagem de ressonância magnética (MRI) ou quem declararam-se mulheres saudáveis ; e 29% usaram mulheres que não tinham evidência de diagnóstico de endometriose; no entanto, não relatou critérios de diagnóstico negativos. Acredito que pode haver algum tipo de viés, o ideal seria que todas as mulheres classificadas como controle tivessem sido confirmadas como controle através de métodos cirúrgicos.

Em relação as principais alterações moleculares encontradas não posso afirmar se alguma delas está certamente envolvida com o câncer de ovário, pois o foco da pesquisa foi sobre endometriose. Entretanto, por algumas alterações se tratarem de desregulação de proteínas, polimorfismos localizados em genes de significativo locus de suscetibilidade genética para várias patologias como o câncer, entre outras pode ser que estejam também envolvidas com o câncer de ovário, entretanto estudos mais focados e aprofundados são necessário para ter certeza. 

Acredito que por hora não pretendemos realizar uma meta-análise dos dados, mas é uma ótima sugestão. 

Espero que eu tenha respondido todas as suas dúvidas e consigo ser bem explicativa. 

Obrigada, Isabelle

Paula Sabbo Bernardo

Olá, Isabelle. 

Obrigada pelas respostas, esclareceu as minhas dúvidas. 

Author

Isabelle Alves

Boa tarde Nicolau. 

1- O tempo de elaboração do artigo foi de cerca de 6 meses, e eu como aluna de iniciação científica auxiliei na identificação dos artigos, confirmando todos os critérios de inclusão e exclusão que o artigo pedia. Sobre a curadoria dos dados e identificação dos genes e polimorfismos mais relevantes, foi feita uma pesquisa da frequência nas populações, identificação das vias que os genes e polimorfismos influenciavam e estavam envolvidos com a endometriose a relevância deles na endometriose. Alguns genes e polimorfismos foram destacados por causa dos pontos que associavam-se diretamente a endometriose ou em vias que poderiam auxiliar no desenvolvimento da doença. 

2- Inicialmente ia ser feito uma pesquisa com outras bases de dados, entretanto logo no início da pesquisa foi observado que nos outros bancos de dados não apresentavam diferença dos trabalhos encontrados no PubMed, tudo que foi encontrado nos outros bancos era os mesmos trabalhos. Todas as informações importantes, confiáveis e de relevância encontram-se no PubMed, por isso foi restringido somente a ele. 

3- Os critérios de seleção foram diferente entre os sete casos-controle: 29% usavam mulheres com outras doenças; 43% usaram mulheres com diagnóstico negativo de endometriose após cirurgia; 14% usaram mulheres com diagnóstico negativo de endometriose por imagem de ressonância magnética (MRI) ou quem declararam-se mulheres saudáveis; e 29% usaram mulheres que não tinham evidência de diagnóstico de endometriose; no entanto, não relatou critérios de diagnóstico negativos.

4- Não houve nenhum polimorfismo ou genes que estava presente em todos os trabalhos sendo associados.

5- Não nesse caso, como estamos estudando a base genética que é muito importante, sabemos que as populações são diferentes e podem ter a frequência de polimorfismos variadas, inclusive foi uma das coisas que observamos. Não houve exclusão de nenhum alvo como fator de risco, ele provavelmente não foi fator de risco para uma certa população mas para alguma outra pode ser que seja, por isso são necessários haver outros estudos em outra populações. Uma das nossas propostas inclusive é fazer uma replicação de alguns desses genes e polimorfismos que selecionamos na nossa população para saber se na população brasileira eles podem ser um preditor de risco.

Espero ter respondido com clareza todas as perguntas. 

Obrigada, Isabelle 

Institutions
  • 1 Centro Universitário Estadual da Zona Oeste
  • 2 Molecular Oncology and Viral Pathology Group / Portuguese Oncology Institute of Porto / Portuguese Oncology Institute of Porto
  • 3 Grupo de Oncologia Molecular / Instituto Português de Oncologia / Instituto Português de Oncologia
  • 4 National Institute of Traumatology and Orthopaedics
Track
  • Molecular Biology
Keywords
Genome-wide
Endometriosis
Polymorphisms