Olá Natascha, parabens pela apresentação. Me chamo Pedro Nicolau, sou pos-doc do INCA e farei a avaliação do seu trabalho e darei algumas sugestões:
1 - Há quanto tempo você trabalha nesse projeto? Qual seu papel no design do projeto e na realização dos experimentos?
2 - Com relação ao trabalho com as linhagens acho interessante saber o perfil de expressão desses genes nelas para poder traçar novas estratégias de estudo. Entretanto, a comparação do perfil de expressão entre uma linhagem de OSCC e uma de queratinócitos, por sí só, me parece uma análise superficial. Assim, quero saber quantas reblicatas biológicas e experimentais foram analisadas? Há a previsão de análises in vitro com a modulação da expressão destes genes?
3 - A Cancer Cell line encyclopedia pode ser uma ferramenta a ser utilizada para ajudar a identificar o perfil de expresão destes genes em um conjunto de linhagens celulares de OSCC
4 - Sugiro nas proximas apresentações conferir com mais rigor os genesymbols para evitar errinhos que tiram um pouco o brilho do trabalho.
5 - As amostras humanas são pareadas? Se sim, eu não chamaria as amostras não tumorais de saudáveis por causa do conceito de campo de cancerização. Você poderia me explicar esse conceito?
6 - Houve correlação de expressão entre os genes? Inclusive PIK3CA e AKT1 são conhecidos parceiros envolvidos em diversos processos biológicos
7 - o cBioportal é um software free e fácil de usar, ótimo para analisar dados do TCGA. Isso daria um peso maneiro ao trabalho e você poderia comparar a associação da expressão gênica com as características clinicopatológicas em outras populações.
8 - Uma pena que poucas amostras humanas foram analisadas até o momento. Senti falta de um número de amostras maior para ver se estatísticamente essas projeções de superepressão ou subexpressão são verdadeiras. Com isso, porque 20 pares de amostras? de onde surgiu esse número?
Fico no aguardo de suas respostas.
Pedro Nicolau
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