O presente trabalho apresenta as etapas envolvidas na construção de um modelo metabólico para produção de polihidroxialcanoato (PHA) por Pseudomonas sp. LFM046. O modelo foi construído baseado em vias metabólicas descritas na literatura e validado através do sequenciamento do genoma do microrganismo e por experimentos em quimiostato utilizando glicose com e sem carbono marcado. O sequenciamento do DNA genômico foi realizado utilizando o sequenciador de nova geração da plataforma Illumina MiSeq. Os dados em estado estacionário utilizados na construção do modelo foram obtidos de cultivos em biorreator de pequeno volume (Applikon Minibio com 200 ml de volume de trabalho) com glicose como fonte de carbono. A marcação, quando empregada, foi em todos os 6 carbonos (13C). Para o tratamento desses dados foi necessária a construção de uma ferramenta de software que descreve o destino de cada um dos carbonos do substrato nos intermediários metabólicos e finalmente nos produtos finais. Desta forma, em um processo de otimização, é possível prever a distribuição de fluxos que melhor explica o padrão de marcação detectado nos produtos. O processo de construção do modelo foi iterativo: a partir de algumas questões biológicas buscaram-se evidências experimentais para respondê-las e, em alguns casos, quando perguntas eram respondidas outras surgiam. A cada nova resposta qualitativa ou quantitativa consolidada, o modelo era então incrementado. O modelo metabólico atual possui 43 espécies químicas em 45 transformações.