Acassio, parabéns pelo trabalho! a metodologia se mostra bem eficiente e com boa correlação com dados experimentais. Se eu entendi, os cálculos de energia de interação são feitos a partir de estruturas de um único frame da simulação. Se tivessemos um ligante com duas conformações igualmente populadas no sítio ativo, como realizariamos os cálculos da energia de interação? Obrigado.

Olá Glória.

Parabéns pelo trabalho.

Por gentileza, vocês investigaram os efeitos de solventes. Eles são importantes na descrição de parâmetros em meio biológico.

Há uma iniciativa para a parametrização de compostos de coordenação pelo grupo do Prof. Hélio F. dos Santos. da Universidade Federal de Juiz de Fora, de uma olhada no artigo:

Yesylevskyy, S., Cardey, B., Kraszewski, S. et al. Empirical force field for cisplatin based on quantum dynamics data: case study of new parameterization scheme for coordination compounds." J Mol Model 21, 268 (2015). https://doi.org/10.1007/s00894-015-2812-0

Muito obrigado.

Boa noite, Acassio! 

Parabéns pelo trabalho! Minha questão é referente possíveis efeitos de solvente e de erros de superposição de bases. Esses efeitos foram considerados nas suas simulações? Talvez o erro de superposição de bases seja sistemático, mas não estou tão certo quanto a possíveis efeitos de solvente visto que os inibidores apresentam muitos grupos próticos.

Grato,

Kalil

Olá Cristiano, tudo bem? Queria saber como o método foi implementado, ou se vocês usaram algum software existente, e se vocês tem perspectivas de fazer esse tipo de estudo para reações com mais etapas, ou com reações que incluam etapas reversíveis.

Olá Osmair! Como vai? Espero que esteja bem! 

Bem interessante seu trabalho! Uma curiosidade que ficou é sobre como você selecionou os 4066 compostos de partida. Isso você selecionou de algum database de medicamentos ou algo assim? E essa etapa inicial do screening é automatizada?

 Abraços!

 Kalil

Olá Mariana,

Parabéns pela apresentação/trabalho!

Vocês entenderam pq a inclusão das correções relativísticas são importantes nesse caso (fisicamente e/ou quimicamente) ?

Abraço,

Márcio

Oi Mariana

Parabéns pelo seu trabalho!

Eu tenho algumas dúvidas. Por favor, você poderia esclarecê-las?

1) Eu não consegui entender a análise feita na Fig. 5 onde você conclui sobre o melhor nível de teoria que deve ser usado no estudo. Por favor, você poderia ser mais explícita no raciocínio empregado?

2) Como os valores de delta-G de ativação (experimentais) foram obtidos? Minha curiosidade sobre isto é saber se a sua metodologia é compatível com o método experimental, a fim de que comparações pudessem ser feitas.

Obrigado

Eduardo

Boa noite, Alessandra. Muito legal o trabalho, parabéns! Vocês têm a intenção de tornar a metodologia geral para poliatômicas? E estender para coeficientes mais altos usando técnicas de Monte Carlo para as integrais configuracionais? Obrigado!

Hi Manoel. That is a very well performed work and discussion. You're english is also outstanding. Congrats. 
Can you comment a bit on how did you choose the among the many possible permutations of different atoms  (homotops) for each alloy?

In slide 2 it is written that the geometrical shapes were not optimized in a global optimzation, but were fixed in known arrangemtents. Did I understand correctly?

Olá Pedro. Muito boa sua apresentação.
Eu gostaria de saber se vocês já tentaram verificar a presença desses confôrmeros experimentalmente.
Trabalhamos com uma técnica chamada espectroscopia IRMPD e acredito que alguma análise como essa pode ser útil no caso de vocês.
Bom trabalho!

Olá, Murillo! Parabéns pelo trabalho! Tenho uma pergunta: você acha que efeitos de tunelamento de próton podem ser importantes neste tipo de reação? Seria possível investigá-los? Obrigado!

Olá Diane, trabalho muito legal! Tenho algumas dúvidas e sugestões. 1) Por que você combinou duas famílias de bases distintas, as bases de Pople e Karlsruhe? 2) Sugiro realizar um estudo de reatividade utilizando alguma reação modelo ao invés de utilizar o gap homo-lumo, já que o mesmo não descreve adequadamente a estabilidade e nem a reatividade. 3) Como a energia e as intensidades de transição se comparam com os resultados experimentais? 4) Para as transições que envolvem os orbitais do "Ru", você pretende fazer um benchmark utilizando métodos MCSCF? Acho importante checar se o TDDFT descreve bem as transições d-d e MLCT.

Oi, Mariana! Excelente apresentação e muito interessante seu trabalho!

Por que vocês decidiram avaliar o caminho de reação concertado (SN2) para entrada da água e saída do cloreto? Esse é o mecanismo esperado para reações da cisplatina e corresponde aos valores experimentais que você usou como referência na comparação dos métodos avaliados? Há outras possibilidades mecanísticas SN1 (que começa pela etapa associativa do cloreto ou dissociativa da água), mas não sei se são razoáveis para reações com Pt.

Outra dúvida: todas essas funções de base avaliadas já estão disponíveis no ORCA ou vocês tiveram de fazer alguma adaptação?

Oi Francisco, valeu pela apresentação; como você define conceitualmente essa ligação de hidrogênio intramolecular? 

Parabéns pelo trabalho e apresentação, Lucas.

Como foi feita a minimização de energia? Usando qual algoritmo?

E vocês pretendem também realizar estudo de dinâmica/cálculo de energia livre com as mais promissoras?

Obrigado.

Oi Joyce

Parabéns pelo seu trabalho!! Pelo número de complexos estudados (103) é possível saber que foi um trabalho muito árduo.

Eu tenho algumas curiosidades e gostaria, por favor, que você fizesse alguns esclarecimentos:

1) Você otimiza as geometrias com um funcional/função de base (sem efeito relativístico) e depois calcula o deslocamento químico usando um outro funcional (e com efeito relativístico incluso). Esta metodologia foi testada (comparando resultados calculados com resultados experimentais) para quantos complexos de Pt(II)?

2) Quando você diz que a metodologia 3 é mais eficiente porque retira a necessidade de se calcular o deslocamento para o composto padrão de Pt, isto também não tira a possibilidade de corrigir-se erros computacionais que se anulariam? Ou seja, nenhuma metodologia é à prova de falhas mas, quando você aplica a metodologia para o padrão e para o composto estudado, estes erros poderiam cancelar-se. Na metodologia 3, não há esta possibilidade.

Obrigado por sua atenção

Eduardo

Oi, Milena, parabéns pela apresentação e pelo seu trabalho! Muito interessante.

Como o objetivo do seu trabalho é validar um protocolo computacional, você avaliou a influência de outras funções de base, além da NMR-DKH? Pergunto isso porque agora você tem outro centro metálico importante no sistema. 

Olá Evani! A estrutura do elemol já há muito é conhecida. Qual o problema com a sua estrutura? Estou tentando entender a motivação para o trabalho. 

Oi Henrique

Parabéns pelo seu trabalho!

Eu tenho algumas dúvidas e curiosidades sobre ele e gostaria, por favor, que você pudesse esclarecer-me:

1) Quando você compara as energias entre V1, V2 e V3, você encontrou que V3 é o mais estável. Isto não é curioso porque neste composto, diferentemente de V1 e V2, há dois átomos maiores (Br e Cl) que substituíram os átomos de F. Isto não é estranho?

2) Há alguma explicação para que a energia de ativação de V2 (na reação com H2) seja menor que as demais? Se comparada com V3 é compreensível porque há dois substituintes grandes, o que deve causar um impedimento estéreo grande mas, a diferença com V1 é pequena. Eu diria que V1 e V2 são razoavelmente similares.

3) Na sua publicação de 2017, você diz que o APUAMA é um software livre. Por favor, onde e qual é o procedimento para se conseguir uma cópia dele? Eu tenho um trabalho de catálise e gostaria de testa-lo.

Obrigado por sua atenção

Eduardo

Parabéns pela apresentação Francisco, queria saber quais são as perspectivas do seu trabalho. Obrigado.

Boa noite Wellington,

Bem interessante, eu particularmente não fazia ideia da existência de alótropos de nitrogênio e seu trabalho me chamou atenção.

O que tenho é mais questões a respeito da estabilidade dele na fase sólida. Já houve determinação do ponto de fusão do mesmo? Ele pode existir como sólido em pressão ambiente ou demanda pressões elevadas?

Além disso, se entendi corretamente, na fase sólida ele ainda existe como moléculas isoladas, correto?

Grato,

Kalil

Prezada, parabéns pelo excelente trabalho.

1) Vocês usaram a regressão para realizar classificação: estrutura correta e incorreta?

2) Como vocês definem se certa estrutura é correta ou incorreta?

Obrigado! 

Prezado Wellington,

Parabéns pela apresentação/trabalho. Porque vocês utilizaram o siesta? Pensaram na possibilidade  de confirmar os parâmetros cristalográficos via uma aproximação PAW (exemplo, usado VASP)?

Obrigado.

Primeiramente, parabéns pelo trabalho! Dado que vocês estão fazendo o design dos receptores artificiais, será que não seria bom, também, calcular a energia livre (\Delta G) de formação do complexo receptor-MDMA? Eu entendo que (1) o tamanho dos oligômeros pode ser um gargalo e (2) a energia de interação contém informação relevante a respeito da interação entre o receptor e o ligante, mas dado que os receptores podem se comportar de maneiras distintas no solvente (água, eu presumo), não seria importante também calcular uma quantidade mais diretamente relacionada a constante de equilíbrio?

Hi Luan, I am curious to know the actual value for the barrier height, at the several levels of theory you use... I think you don't mention it. Hydrogen abstraction reactions often have transition states with large multireference character, but your rate constants are already in good agreement with experiments! That is a good surprise for me!

Boa tarde Henrique, parabéns pelo trabalho!

Uma curiosidade: Na geração dos clusteres, foi calculada inicialmente a energia usando o potencial de Coulomb-Born-Mayer, que é um potencial parametrizado. O quão bem os resultados obtidos posteriormente com DFT se correlacionam com as energias resultantes desse primeiro cálculo? Penso que isso pode ser interessante tanto para indicar a presença ou não de possíveis efeitos de estrutura eletrônica nas nanoestruturas como avaliar a viabilidade de modelos clássicos no estudo desse sistema.

A outra sugestão é que deve ser interessante avaliar possíveis efeitos de solvente, já pensando num possível processo de síntese desses nanopartículas. Dado ao fato de ser iônico, imagino que as estabilidades de diferentes estruturas possa mudar em um solvente de alta constante dielétrica.

Grato,

Kalil

Parabéns pelo trabalho! Um dos aspectos mais interessante do estudo de explosivos está relacionada a propagação e dissipação das ondas mecânicas no sólido, como os fônons transferem energia para os modos vibracionais e como a presença de falhas na estrutura contribuem para o processo. Será que a adição de parâmetros do sólido (talvez densidade ou compressibilidade a temperatura constante) melhoraria mais o método?

Olá, Douglas. Boa noite. Foi uma ótima apresentação! Eu só fiquei com uma dúvida em relação ao último termo para a massa de ressonância:

Na mecânica clássica o termo de Coriolis aparece quando a gente considera o sistema em um referencial rotacionando, enquanto analisamos ele de um referencial fixo. Daí quando a gente desenvolve o termo da energia cinética aparece as componentes vibracional, rotacional e o acoplamento rovibracional. No caso da mecânica quântica, como que aparece esse acoplamento quando se resolve a equação de Schrödinger?

Agradeço, desde já!

Felipe

Oi Antônio

Parabéns pelo seu trabalho!

Eu tenho algumas dúvidas e pedirei a você, por favor, para esclarece-las:

1) Você diz que a primeira transição eletrônica, baseada no gap Homo-Lumo está na faixa do UV. Você mediu o espectro eletrônico para ver se isto acontece?

2) A amostra cristalina é colorida?

3) Por que foi escolheu carga +2 e multiplicidade = 4? Você fez algum estudo preliminar?

Obrigado por sua atenção

Eduardo

Caro Murilo,

     Primeiramente, parabéns pelo trabalho! Na formação de h-bond do tipo: X-H---Y ocorre transferência de carga e Y para o oscilador X-H o que leva a um red shif na frequencia e um aumento da intensidade do oscilador X-H. Essa carga transferida pode se facilmente quantificada pelo somatório da cargas atômicas (por exemplo APT) num nos monômeros no complexo de hidrogênio. Você observou efeitos significativos de transferência de caga nos seus sistemas? Segue uma referência que pode lhe interessar Araujo, R.C.M.U. et al. Spectrochimica Acta, Vol. 51A, No. 5, pp. 821-830, 1995.

Abraço para ti e para Rivelino. Bosco

Boa noite Léo! Trabalhado extremamente relevante.

Tenho uma dúvida sobre o reescoring para melhorar a capacidade preditiva.

No docking molecular, normalmente, o reescoring é usado em protocolos de consenso. Ou seja, utilizamos uma função para a busca e ranqueamento das melhores poses (conformações do ligante) e, na sequencia, usamos outra função para fazer o re-ranqueamento. Então, comparamos a melhor pose obtida com a primeira função de pontuação com a segunda. Nesse caso, duas coisas podem ocorrer: (1) As duas funções acusam a mesma pose como a melhor; (2) A segunda função atribui melhor pontuação a uma pose diferente da primeira. Nesse último caso, utilizamos a pose com melhor pontuação apontada no re-ranqueamento.

Essa é uma forma de eliminar falsos positivos. Então, como se dá essa verificação no programa que está trabalhando?

Desde já agradeço.

Maurício Brito

Olá Antônio, trabalho interessante! A multiplicidade de spin foi determinada experimentalmente ou você testou alguns valores? Você pretende realizar cálculos TDDFT para obter de fato as energias de transição dos "bright states" já que o gap homo-lumo não descreve a energia de transição? Pretende testar outros funcionais híbridos como o PBE0?

Olá Vanessa, boa tarde! Inicialmente, parabéns pelo trabalho! Na sua apresentação, em torno do minuto 4 do vídeo, você apresenta os valores de comprimento de onda de máxima absorção calculados em fase de gás e com o solvente etanol (obtido com o modelo SMD). No entanto, quando se compara com o valor experimental 264 nm (em etanol) o valor calculado que apresenta uma maior concordância foi o obtido em fase gasosa, não deveria ser o contrário!?

Qual a razão de escolher as Cargas de Mulliken para avaliar a transferência de carga na formação do intermediário tetraédrico?

Olá Guilherme. Ótimo trabalho, parabéns.
Na figura 3 formam retiradas duas reações. Elas não seriam acessíveis mesmo nas condições nas quais a combustão ocorre? Essas reações também serão avaliadas em função da pressão?

Parabéns pelo trabalho e apresentação, Mariana.

Qual foi o software utilizado para a análise por homologia? E você poderia comentar foram os parâmetros adotados e resultados (identidade, etc)? O vídeo cobriu um pouco.

Obrigado.

Cara Daniela,

Parabéns pelo trabalho! Tanto a análise das estruturas como da energias são sempre interessantes de se observar para os complexos de xantato e o trabalho ficou bem completo.

Abraços,

Victor Malamace

Hi Luis, nice work! How did you choose and constructed the surfaces? Also, how did you guess the initial magnetic moments in the spin-polarized computations?

Parabéns pelo trabalho! Tenho uma dúvida quanto ao nivel de teoria (funcional + base) utilizados. Sabe estimar o efeito que a base usada pode ter sobre os resultados? Visto que foram estudados metais de transição que normalmente exigem tratamento mais profundo. Abraço!

Muito legal sua descrição do papel do solvente nesse processo de transmetalação Gabriel. Você fala uma proposta para a formação da base  a partir do ligante que aumenta a cinética da reação, que perspectivas promissoras se abrem para o estudo cinético dessa proposta de vocês?

Obrigado pela apresentação, parabéns!

Olá, Frederico! 

Gostaria de te parabenizar pela apresentação! Esse modelo é bem diferente, trás vários elementos que lembram uma apresentação mais voltada pra Divulgação, então deixa o assunto mais leve e interessante! Ainda mais pra um congresso grande, com pessoas de várias áreas. Fora sua dicção, que é incrível! Meus parabéns!

Eu fiquei com uma dúvida: quais seriam as etapas seguintes do trabalho? Vocês têm algum objetivo específico ao estudar esses complexos com metais, ou seria mais uma caracterização in silico?

Oi Maria, os dados apresentados para os parâmetros termodinâmicos na Tabela 2 não tem a unidade das energias, que unidades são? Gostaria que você comentasse sobre a magnitude desses valores energéticos, existem dados experimentais sobre eles?