Feed | Anais do XXI Simpósio Brasileiro de Quimica Teórica - Vol. 1 2021

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Acompanhe as principais atualizações e discussões sobre os trabalhos publicados em SBQT 2021!

Todas as atividades (50)

Leonardo Viana das Chagas Lima respondeu o tópico "PyMol"

Publicação: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM

Prezado, parabéns pelo excelente trabalho. Qual é a funcionalidade, biblioteca, etc, do PyMol que vocês usam (fazem a interface) no programa de vocês? Eu vi que você mencionou abaixo que há uma distribuição open-source do PyMol. Eu não sabia, pois sempre fui direcionado à uma página comercial ao buscar o programa na web. Obrigado e sucessos!

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Bruno Doria e 4 outras pessoas responderam o tópico "Parabéns"

Publicação: On the aromaticity of (BN)3-pyrenes

Oi Bruno, parabéns pelo trabalho e pela apresentação.

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Paulo Henrique de Sousa Paulino e 2 outras pessoas responderam o tópico "Dúvida sobre métodos e estrutura da cadeia"

Publicação: A theoretical study of poly(p-phenylenes) and their cyclodextrin-based insaluted molecular wires

Olá Paulo, polímeros semicondutores são muito interessantes! Tenho algumas dúvidas. 1) Como você construiu as estruturas dos oligômeros? E como você escolheu o número de unidades? Esses polímeros devem apresentar algum "grau de flexibilidade" que pode levar a uma dificuldade de simulação. 2) Por que usar o método PM3? Testou outros métodos semiempíricos como o extended tight binding (xtb)? 3) O gap homo-lumo não representa a energia de transição eletrônica. Sugiro que teste fazer cálculos TD-DFT com alguns poucos estados para ter um valor de transição vertical. Pretende fazer isso? 4) O nível de cálculo do "single point" (PBE0/6-31G(d,p)) é o suficiente para tratar adequadamente o momento de dipolo? 5) Você utilizou correção de Van der Waals para os cálculos dos "molecular wires"? Eu diria que essa correção pode ser importante para o cálculo da energia de "formação".

2 pessoas favoritaram o trabalho "New methodology for thermal effects inclusion in 4f-4f intensity parameters based on vibrational normal modes"

1 pessoa favoritou o trabalho "Starting Structures of Lanthanoid Complexes with Stereochemical Control for Molecular Modeling"

1 pessoa favoritou o trabalho "Estudo teórico da adsorção dos pesticidas glifosato e DDT em IRMOFs"

1 pessoa favoritou o trabalho "Merocyanine solvatochromic reversibility in an oriented external electric field"

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Leonardo Viana das Chagas Lima e outra pessoa responderam o tópico "Sobre protonação e dúvidas operacionais."

Publicação: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM

Olá Leonardo! Parabéns pelo trabalho; eu gostei bastante da apresentação! Eu tenho algumas dúvidas, entretanto: (1) Durante a preparação, como que o estado de protonação é definido? Como vocês antecipam os efeitos do ambiente do sítio de ligação no ligante? O estado de protonação é definido antes do docking, não? (2) Os inputs são preparados para quais software? (3) Dock2ONIOM usa recursos do PyMol, mas esse é um software pago da Schrödinger Inc. Vocês têm planos de tornar o seu software menos dependente de pacotes de terceiros?

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Letícia Nascimento e outra pessoa responderam o tópico "Interação"

Publicação: Estudo de docking molecular e NCI das interações entre a Tacrina, ACh e a acetilcolinesterase humana.

Olá Letícia, parabéns pelo seu trabalho! Nos resultados, você enfatiza o fato de as regiões, de interação do ligante com a enzima, serem as mesmas onde se observa a distribuição do orbital HOMO. Você poderia me explicar o que se pode concluir com esse resultado?

2 pessoas favoritaram o trabalho "Advances on Active Learning for Efficient Global Optimization of Atomic Clusters"

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Renan Silva e outra pessoa responderam o tópico "interações"

Publicação: Estabilidade na interação π- π em moléculas de cafeína em solução aquosa

Muito bom trabalho. Existem vários métodos que podem ser utilizados para avaliar as interações intermoleculares, como NCI, modos locais de vibração, NBO, AIM, entre outros. Como se trata de um sistema simples, talvez a diferença entre as geometrias seja pouco significativa, de forma que não seria muito fácil comparar os resultados de energia de interação.

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Maria Clara Ferrazani Santos respondeu o tópico "Discussão"

Publicação: Theoretical study of the formation of inclusion complexes between a set of flavonoids and β-cyclodextrins, pure and modified.

Cara Maria Clara, como vai? Parabéns pelo trabalho. Você acredita que outros sistemas de inclusão, por exemplo, usando calixarenos poderiam ser usados? Por que você usou primeiro o DFTB? Qual a vantagem ou diferença em usar os resultados DFT direto ou com DFTB como cálculo preliminar? Obrigado.

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JOSÉ LEAL RODRIGUES e outra pessoa responderam o tópico "Parabéns"

Publicação: POLARIZABILIDADES ATÔMICAS E DE GRUPOS FUNCIONAIS DA SÉRIE DE BIOMOLÉCULAS L-GLY PARA APLICAÇÃO ELETRO-ÓPTICAS

Gostaria apenas de deixar meus parabéns pelo trabalho. Muito bacana. Sucesso.

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Letícia Nascimento e outra pessoa responderam o tópico "Redocking e Descirtores da estrutura eletrônica do sitio ativo"

Publicação: Estudo de docking molecular e NCI das interações entre a Tacrina, ACh e a acetilcolinesterase humana.

Olá Letícia. Parabéns pelo trabalho. Por gentileza, você chegaram a investigar o re-docking? Se não a minha sugestão é o programa SMINA, gratuito, que é similar ao Autodock Vina, obtido aqui: https://sourceforge.net/projects/smina/ mas com uma função de Score melhorada chamada Vinardo. Mais detalhes sobre o Vinardo: "Vinardo: A Scoring Function Based on Autodock Vina Improves Scoring, Docking, and Virtual Screening" Quiroga R, Villarreal MA (2016) "Vinardo: A Scoring Function Based on Autodock Vina Improves Scoring, Docking, and Virtual Screening". PLOS ONE 11(5): e0155183. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155183 Acredito que seria interessante você fazer uma análise de descritores do sitio ativo via DFT conceitual. Mais detalhes do DFT Conceitual em: "Conceptual Density Functional Theory" by P. Geerlings, F. De Proft, and W. Langenaeker Cite this: Chem. Rev. 2003, 103, 5, 1793–1874 Publication Date: April 17, 2003 https://doi.org/10.1021/cr990029p Dá uma olhada no programa Primordia do Igor Barden do Grupo do Prof. Gerd da UFPB. https://github.com/igorChem/PRIMoRDiA1.0v Muito obrigado.

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Leonardo Viana das Chagas Lima respondeu o tópico "Cálculos ONIOM"

Publicação: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM

oi Leonardo! Parabéns pelo trabalho. Você está desenvolvendo uma ferramenta muito útil e usando softwares livres. Na etapa final de preparação do cálculo ONIOM o sistema é calculado no vácuo ou é utilizado algum modelo de solvatação implícita?

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Aline de Oliveira e outra pessoa responderam o tópico "Interferentes na adsorção "

Publicação: Adsorption of arsenic compounds on subunits of Metal-Organic Frameworks – an in silico approach to water treatment

Olá, Aline! Primeiramente, parabéns pelo trabalho e pelos slides, que ficaram ótimos e de fácil entendimento. Fiquei com duas dúvidas em relação a escolha dos interferentes: 1) Como vocês fizeram essa escolha? Esses compostos são comumente encontrados junto com os compostos de arsênio? 2) Vocês chegaram a avaliar cátions como interferentes? Faria sentido fazer isso?

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Jonas de Arruda Leite Júnior respondeu o tópico "Escolha do Nivel de Calculo "

Publicação: Estudo Computacional do mecanismo da reação CH4 + CH --> C2H4 + H

Ola Jonas, Parabens pelo trabalho e pela abordagem ao problema. Poderia me esclarecer duas questoes: 1. Quais caracteristicas levaram voces a escolher o nivel de calculo CCSD(T)/cc-pVTZ e 2. Por que nao realizou calculos termodinamicos fora das condicoes-padrao, visto que essas reacoes devem ocorrer fora dos 298,15 K. Obrigado

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Paulo Henrique de Sousa Paulino respondeu o tópico "condução"

Publicação: A theoretical study of poly(p-phenylenes) and their cyclodextrin-based insaluted molecular wires

Caro Paulo Henrique, parabéns pelo trabalho Uma curiosidade, os gaps que você apresenta (3eV - 4eV) são compatíveis com materiais isolantes (muito maiores que kT). Qual o gap experimental dos polímeros? Você também menciona polímeros dopados. Nesse caso, qual o mecanismo de condução, seriam semelhantes a semicondutores tipo P ou N? Obrigado Marcio

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Letícia Nascimento respondeu o tópico "Interação com os orbitais de fronteira"

Publicação: Estudo de docking molecular e NCI das interações entre a Tacrina, ACh e a acetilcolinesterase humana.

Oi Letícia Parabéns pelo seu trabalho!! Os valores das energias dos orbitais de fronteira corroboram com a ordem de atividade dos compostos que foram estudados no docking? Obrigado por sua atenção Eduardo

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Letícia Nascimento respondeu o tópico "Metodologia - Docking"

Publicação: Estudo de docking molecular e NCI das interações entre a Tacrina, ACh e a acetilcolinesterase humana.

Oi, Letícia. Parabéns pelo seu trabalho! Vocês realizaram a reancoragem molecular para validar seu protocolo? Para o NCI, vocês recortaram apenas o sítio de ligação com o fármaco ancorado? Como foi feito?

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Leonardo Viana das Chagas Lima e outra pessoa responderam o tópico "Download do dock2oniom."

Publicação: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM

Caro Leonardo, inicialmente parabéns pela apresentação e pelo trabalho desenvolvido. Gostaria de saber onde é possível realizar o download do utilitário dock2oniom e em quais programas de cálculo quântico o input Oniom gerado pode ser executado. Atenciosamente.

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Gabriel Luiz Carvalho respondeu o tópico "Dúvida"

Publicação: Caracterização teórica de novas moléculas de Difluoroboron β- dicetonatos Flavanonas.

Olá Gabriel, boa noite. Eu fiquei com as seguintes dúvidas: De que forma os substituintes e os solventes influenciaram as propriedades da moléculas? O que você define como propriedades ópticas adequadas para as aplicações listadas na conclusão?

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Amir Perlin e outra pessoa responderam o tópico "Criação de estruturas iniciais"

Publicação: Busca e análise de mínimo global de dicátions aromáticos

Olá, Amir. Parabéns pelo trabalho. Gostaria de saber como o AUTOMATON gera as estruturas inicias para os cálculos e se ele tem algum tipo de método de aprendizado por reforço implementado. Obrigado!

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Letícia Nascimento e outra pessoa responderam o tópico "Sobre seu trabalho"

Publicação: Estudo de docking molecular e NCI das interações entre a Tacrina, ACh e a acetilcolinesterase humana.

Olá, parabéns pelo trabalho e apresentação. Eu fiquei com umas dúvidas: 1. Qual programa você rodou os cálculos quânticos? 2. Para os cálculos quânticos você usou fragmentos da proteína ao redor dos ligantes ou foi só para o ligante? 3. Para os cálculos quânticos você otimizou a geometria? Mais uma vez parabéns. Gerd Rocha

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Jéssica Boreli dos Reis Lino respondeu o tópico "Relação entre RMN e aplicação QBit"

Publicação: Enhancing NMR Quantum Computation by Exploring Heavy Metal Complexes as Multiqubit Systems: A Theoretical Investigation

Olá, Jéssica. Parabéns pelo seu trabalho, é uma aplicação muito interessante. Eu gostaria de entender um pouco melhor como os parâmetros RMN calculados indicam o potencial de aplicação destes materiais em dispositivos Qbit. Obrigado!

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Eduardo Ramires Kuhn respondeu o tópico "Sobre seu trabalho"

Publicação: Docking de candidatos a fármacos na albumina do soro bovino.

Parabéns pelo trabalho apresentado. Vocês têm interesse em ampliar esse estudo aplicando outras metodologias teóricas? Até mais, Gerd Rocha

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Jonas de Arruda Leite Júnior respondeu o tópico "Carter multiconfiguracional"

Publicação: Estudo Computacional do mecanismo da reação CH4 + CH --> C2H4 + H

Jonas, Parabéns pelo trabalho! Você fez alguma análise do caráter multiconfiguracional dos estados estacionários?

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Letícia Nascimento respondeu o tópico "Metodologia e Resultados"

Publicação: Estudo de docking molecular e NCI das interações entre a Tacrina, ACh e a acetilcolinesterase humana.

Olá, Letícia! Gostei muito da sua apresentação, parabéns! Você chegou a fazer o método de ancoragem em outros cristais da mesma enzima? Se sim, você chegou a fazer crossdocking? Se sim, a partir desses resultados, você consegue racionalizar, mesmo que quantitativamente, fingerprints químicos que podem estar relacionados à inibidação da enzima?

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Bruno Doria respondeu o tópico "Estrutura da cadeia e cargas e polarizabilidades."

Publicação: On the aromaticity of (BN)3-pyrenes

Olá Bruno. Parabéns pelo trabalho. Por gentileza, vocês fizeram investigaram alguma investigação via "aromatic stabilization energies (ASE), ou anisotropy ofthe induced current density (ACID)"? você fizeram alguma investigação sobre como isto afeta a polarizabilidade e magnetizabilidade ? Analisando este e mais alguns índices você poderá propor materiais com aplicação elétricas e magnéticas. Sugestão: Faça uma avaliação de descritores via DFT conceitual. "Conceptual Density Functional Theory" P. Geerlings, F. De Proft, and W. Langenaeker Cite this: Chem. Rev. 2003, 103, 5, 1793–1874 Dá uma olhada no programa Primordia do Igor Barden - UFPB. https://github.com/igorChem/PRIMoRDiA1.0v Muito obrigado.

2 pessoas favoritaram o trabalho "Diversidade estrutural em cátions oriundos de moléculas aromáticas"

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Frederico Pontes e outra pessoa responderam o tópico "Perspectivas"

Publicação: Estudo de docking molecular e NCI das interações entre a Tacrina, ACh e a acetilcolinesterase humana.

Oi Letícia! Parabéns pelo trabalho. Nos cálculos quânticos você chegou a calcular índices de reatividade das moléculas, do tipo ligante, como, por exemplo, potencial químico e eletronegatividade? Existe previsão da realização de simulações de dinâmica molecular?

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Ana Carolina Moralles Barbosa Silva respondeu o tópico "Precisão do cálculo e estratégia de construção das camadas "

Publicação: An ONIOM approach for calculating the UV-Vis spectra of warfarin

Olá Ana, com o nível de cálculo (TDDFT/PBE0) e bases utilizadas existe precisão para discutir alterações menores do que 2 nm? Como vocês definiram o número de moléculas explicitas de água? Por que não fizeram um cálculo ONION de duas camadas aonde a primeira camada (mais interna) é a varfarina "completa" e a segunda (mais externa) é a camada de água?

1 pessoa favoritou o trabalho "Intermolecular Covalent Interactions: A Unified Framework for Pnictogen-, Chalcogen-, Halogen-, and Hydrogen Bonds"

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Márcio Sampaio Gomes Filho e 4 outras pessoas responderam o tópico "Metodologia"

Publicação: Estabilidade na interação π- π em moléculas de cafeína em solução aquosa

Prezado Renan, Parabéns pela apresentação/trabalho! Vocês desenvolveram os códigos ou usaram algum programa (se sim, qual) ? Você espera obter mesma curva de energia ao considerar um solvente explicito? Abraço, Márcio

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Bruno Doria respondeu o tópico "Parabenização"

Publicação: On the aromaticity of (BN)3-pyrenes

Parabéns, Bruno! Excelente trabalho! Ficou bem legal de ver as análises dos índices em concordância entre si! Abraços!

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Nailton Martins Rodrigues respondeu o tópico "Simulação"

Publicação: Estudo teórico da adsorção dos pesticidas glifosato e DDT em IRMOFs

Boa tarde Nailton, muito interessante e importante o tópico. Parabéns pela apresentação! Minha questão é com relação a situação real, em que os pesticidas estariam em meio aquoso (arrastado para os rios pela chuva) e se pretenda retirar estes contaminantes. Não deveria incluir água também na simulação?

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Beatriz Costa Guedes respondeu o tópico "Perspectivas"

Publicação: Estudo teórico da adsorção de metais alcalinos no grafeno

Boa tarde Beatriz! Parabéns pelo excelente trabalho e ótima apresentação. Quais são as perspectivas de aplicação da sua pesquisa? muito obrigada.

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Jonas de Arruda Leite Júnior respondeu o tópico "Mais um intermediário?"

Publicação: Estudo Computacional do mecanismo da reação CH4 + CH --> C2H4 + H

Oi Jonas, legal seu trabalho. Uma pergunta de um não especialista: a energia de ativação negativa não estaria indicando a possibilidade de mais um intermediário estar presente dentre estes que você identificou? Talvez um intermediário com energia mais baixa, porém com energia positiva para ser acessado. Poderia ser essa uma possibilidade? Até mais!

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LUIZ ANTÔNIO S. COSTA respondeu o tópico "Dúvidas sobre a relação água/inibição do RNA"

Publicação: Theoretical study of tautomerization mechanism and drug potential of halogenated Favipiravir compounds for COVID-19 treatment

Caro Daniel, parabéns pelo trabalho! Ele envolve um tema extremamente atual e relevante para a nossa sociedade. Gostaria de entender melhor o seu trabalho. Pra mim, não ficou clara essa relação direta das interações com moléculas de água ser tão determinante e conclusivo na tautomeria apresentada e sua relação com as propriedades inibitórias do RNA. Muito obrigado.

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Julio Chagas respondeu o tópico "Outros substituintes"

Publicação: Substituent Effects on the Structure and Aromaticity of Benzene Derivatives: Special Cases

Olá, Julio. Parabéns pelo belo trabalho. Duas dúvidas simples: 1. As estruturas dos CH2- e CH2+ são planas ou os dois H do substituinte ficam fora do plano? 2. Vocês pensam em utilizar substituintes como NO2 ou com os átomos S e P?

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Suzane Quintana Gomes respondeu o tópico "Docking"

Publicação: Reposicionamento de fármacos utilizando triagem virtual baseada em ligante, com interesse ao tratamento da Doença de Chagas

Boa tarde Suzane. Parabéns pelo seu trabalho e pela sua apresentação! Tenho algumas perguntas: Vocês fizeram estudos de Docking com qual função de score do GOLD? Vocês chegaram a fazer estudo de dockig com modificações moleculares no seu hit (famarco 12)? Quais tipos de interações vocês observaram na formação do complexo Proteina-Farmaco12?

1 pessoa favoritou o trabalho "Estudo computacional da interação de Na⁺ em nanofolhas de nitreto de carbono grafítico (g-C₃N₄) solvatadas em água"

1 pessoa favoritou o trabalho "Estudo computacional das interações de moléculas de surfactante com nanoestruturas de ouro"

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Jonas de Arruda Leite Júnior respondeu o tópico "Caminhos de conexão"

Publicação: Estudo Computacional do mecanismo da reação CH4 + CH --> C2H4 + H

Boa tarde, Jonas. Parabéns pelo trabalho! Seu TS1 está essencialmente na mesma altura de seu intermediário e sua reação se processa sem barreira. Esse resultado era esperado para esse sistema? Você chegou a fazer (mesmo que em nível mais baixo de teoria) cálculos IRC? De alguma forma você garante as conexões do TS1 que estão no seu diagrama? Particularmente para o TS, você chegou a avaliar o diagnóstico T1 do seu cálculo coupled cluster? Obrigado!

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Suzane Quintana Gomes respondeu o tópico "Metodo"

Publicação: Reposicionamento de fármacos utilizando triagem virtual baseada em ligante, com interesse ao tratamento da Doença de Chagas

Ola Suzana, parabens pelo trabalho. Alem do metodo Docking, voces pretendem realizar outros estudos teoricos para reforcar tais resultados? Voces eliminaram os dois medicamentos dos estudos baseados apenas nessa metodologia?

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Letícia Nascimento respondeu o tópico "pH fisiológico"

Publicação: Estudo de docking molecular e NCI das interações entre a Tacrina, ACh e a acetilcolinesterase humana.

Nas conclusões fala-se da importância do pH fisiológico para os estados de protonação. O pH fisiológico foi considerado nos cálculos ou utilizou-se apenas os estados protonados em fase gás? Considerou-se efeito de algum solvente?

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Bruno Doria e outra pessoa responderam o tópico "Aromaticidade"

Publicação: On the aromaticity of (BN)3-pyrenes

Caro Bruno, parabéns pela apresentação O seu interesse é fundamental (na aromaticidade em si), ou há interesse em agum tipo de aplicação, já que há muitas para PAHs? Obrigado Marcio

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Beatriz Costa Guedes respondeu o tópico "Metodologia"

Publicação: Estudo teórico da adsorção de metais alcalinos no grafeno

Prezado Beatriz, Parabéns pela apresentação/trabalho! qual programa vocês estão utilizando para os cálculos em nível DFT? Qual a unidade de energia na figura 3? Vocês pensaram em ver os efeitos da polarização sobre o grafeno? Abraço, Márcio

1 pessoa favoritou o trabalho "Estudo comparativo das reações unimoleculares de bis(metóxi-metil) éter e trimetóxi-metano"

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Erica Moreno respondeu o tópico "Interações"

Publicação: Docking de candidatos a fármacos na albumina do soro bovino.

Boa tarde Eduardo. Parabéns pelo seu trabalho e pela sua apresentação! Tenho algumas perguntas: - Vocês testaram seus ligantes com quiralidade (S)? Se sim, obtiveram a mesma resposta qualitativa, ou seja a quiralidade não altera as intensidades da energia de binding? - Quais tipos de interações vocês observaram com maior frequência no seu estudo?

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Anais do Simpósio Brasileiro de Química Teórica
Anais do XXI Simpósio Brasileiro de Quimica Teórica - Vol. 1 2021

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Discussões Científicas de Qualidade