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Sobre protonação e dúvidas operacionais.
Publicação: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM
Olá Leonardo! Parabéns pelo trabalho; eu gostei bastante da apresentação! Eu tenho algumas dúvidas, entretanto: (1) Durante a preparação, como que o estado de protonação é definido? Como vocês antecipam os efeitos do ambiente do sítio de ligação no ligante? O estado de protonação é definido antes do docking, não? (2) Os inputs são preparados para quais software? (3) Dock2ONIOM usa recursos do PyMol, mas esse é um software pago da Schrödinger Inc. Vocês têm planos de tornar o seu software menos dependente de pacotes de terceiros? -
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Download do dock2oniom.
Publicação: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM
Caro Leonardo, inicialmente parabéns pela apresentação e pelo trabalho desenvolvido. Gostaria de saber onde é possível realizar o download do utilitário dock2oniom e em quais programas de cálculo quântico o input Oniom gerado pode ser executado. Atenciosamente. -
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Sobre seu trabalho
Publicação: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM
Parabéns pelo seu trabalho e sua apresentação. Vocês já estão disponibilizando essa ferramenta? Vocês já fizeram um benchmark para saber a performance da sua ferramenta. Performance em montar corretamente o input do ONIOM. Até mais, Gerd Rocha -
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Cálculos ONIOM
Publicação: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM
oi Leonardo! Parabéns pelo trabalho. Você está desenvolvendo uma ferramenta muito útil e usando softwares livres. Na etapa final de preparação do cálculo ONIOM o sistema é calculado no vácuo ou é utilizado algum modelo de solvatação implícita? -
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PyMol
Publicação: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM
Prezado, parabéns pelo excelente trabalho. Qual é a funcionalidade, biblioteca, etc, do PyMol que vocês usam (fazem a interface) no programa de vocês? Eu vi que você mencionou abaixo que há uma distribuição open-source do PyMol. Eu não sabia, pois sempre fui direcionado à uma página comercial ao buscar o programa na web. Obrigado e sucessos!
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