Também publicou em: SBQT 2023
Este é seu perfil? Faça login para acessar seus certificadosDiferenças entre os modelos de solvatação
Publicação: Thermodynamic and Structural Description of Relative Solubility of Rutin by DFT Calculations and Molecular Dynamics Simulations
Parabéns Haroldo, Andrew, Luciano e Wagner pelo trabalho! Eu já tinha esbarrado no artigo do J. Mol. Liq. e desde então estava curioso sobre as diferenças marcantes observadas quanto aos diferentes modelos de solvatação utilizados.
(1) Será que o resultado obtido por MD foi melhor frente ao experimental por conta do tamanho e complexidade da estrutura do soluto, que então tem muitas conformações que contribuem e não são capturadas nos cálculos DFT?
(2) No geral, o modelo SMD é mais recomendado que o PCM, inclusive pelo próprio manual do Gaussian. Saberia indicar porque os resultados foram tão diferentes e melhores para o PCM-CavDispRep? Tenho bastante interesse no tópico!
Obrigado desde já!
Dúvidas sobre os cálculos de energia livre
Publicação: Thermodynamic and Structural Description of Relative Solubility of Rutin by DFT Calculations and Molecular Dynamics Simulations
Primeiramente, parabéns pelo trabalho! Quantas janelas você usou para o cálculo de energia livre (MBAR)?
Intensidade de picos de distribuição radial de pares
Publicação: Thermodynamic and Structural Description of Relative Solubility of Rutin by DFT Calculations and Molecular Dynamics Simulations
Boa tarde, Haroldo
Bem interessante seu trabalho, especialmente por combinar várias abordagens bem distintas.
Tenho apenas uma sugestão ao comparar gráficos de g(r) entre sistemas distintos, a intensidade do pico pode levar a conclusões erradas sobre ter mais ou menos moléculas solvatando determinado sítio, pois a mesma é a densidade local dividida pela densidade total da espécie em questão no sistema. Minha sugestão é tentar mostrar o número cumulativo de moléculas na primeira camada junto com as curvas de g(r) ao comparar sistemas de densidades distintas, pois esse valor é independente de mudanças na densidade de partículas. Claro, no pôster o tempo é bem limitado e talvez não desse tempo de discutir esse outro dado, mas acho interessante mostrar quando possível para evitar que o leitor associe um pico de g(r) mais intenso em um dado sistema a ter mais daquela espécie solvatando.
Mais uma vez, parabéns pelo trabalho!
Kalil
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