Olá Acassio

Bem interessante o trabalho de vocês. Parabéns.

Vocês chegaram a submeter o último frame da dinâmica a uma

minimização prévia, antes do cálculo ONIOM?

Além disso, chegaram a testar programas de docking

para ver se o docking reproduz o ranking experimental

(embora o cálculo de vocês seja superior ao docking,

claro).

Abraços

Paulo Netz

Acassio, parabéns pelo trabalho! a metodologia se mostra bem eficiente e com boa correlação com dados experimentais. Se eu entendi, os cálculos de energia de interação são feitos a partir de estruturas de um único frame da simulação. Se tivessemos um ligante com duas conformações igualmente populadas no sítio ativo, como realizariamos os cálculos da energia de interação? Obrigado.

Boa noite, Acassio! 

Parabéns pelo trabalho! Minha questão é referente possíveis efeitos de solvente e de erros de superposição de bases. Esses efeitos foram considerados nas suas simulações? Talvez o erro de superposição de bases seja sistemático, mas não estou tão certo quanto a possíveis efeitos de solvente visto que os inibidores apresentam muitos grupos próticos.

Grato,

Kalil

Oi Acassio, boa noite.

Quero parabenizá-lo pelo excelente trabalho. Adorei.