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estrutura para QM/MM e docking
Publicação: Cálculos QM/MM ONIOM para a obtenção de informações sobre inibidores da toxina A da ricina (RTA)
Olá Acassio Bem interessante o trabalho de vocês. Parabéns. Vocês chegaram a submeter o último frame da dinâmica a uma minimização prévia, antes do cálculo ONIOM? Além disso, chegaram a testar programas de docking para ver se o docking reproduz o ranking experimental (embora o cálculo de vocês seja superior ao docking, claro). Abraços Paulo Netz -
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Energia de Interação
Publicação: Cálculos QM/MM ONIOM para a obtenção de informações sobre inibidores da toxina A da ricina (RTA)
Acassio, parabéns pelo trabalho! a metodologia se mostra bem eficiente e com boa correlação com dados experimentais. Se eu entendi, os cálculos de energia de interação são feitos a partir de estruturas de um único frame da simulação. Se tivessemos um ligante com duas conformações igualmente populadas no sítio ativo, como realizariamos os cálculos da energia de interação? Obrigado. -
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Efeito de solvente e de superposição de base
Publicação: Cálculos QM/MM ONIOM para a obtenção de informações sobre inibidores da toxina A da ricina (RTA)
Boa noite, Acassio! Parabéns pelo trabalho! Minha questão é referente possíveis efeitos de solvente e de erros de superposição de bases. Esses efeitos foram considerados nas suas simulações? Talvez o erro de superposição de bases seja sistemático, mas não estou tão certo quanto a possíveis efeitos de solvente visto que os inibidores apresentam muitos grupos próticos. Grato, Kalil -
Outros
Parabéns
Publicação: Cálculos QM/MM ONIOM para a obtenção de informações sobre inibidores da toxina A da ricina (RTA)
Oi Acassio, boa noite. Quero parabenizá-lo pelo excelente trabalho. Adorei.
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