pyPolyBuilder: An automated software to create molecular topologies and initial configurations of arbitrary supramolecules for molecular dynamics simulations.
Details
- Presentation type: Apresentação Oral Assíncrona /Asynchronous Oral Communications
- Track: Molecular Dynamics
- Keywords: molecular dynamics; molecule building; topology building;
- 1 Universidade Federal do Rio de Janeiro
- 2 University of Innsbruck / Institute for General, Inorganic and Theoretical Chemistry, Center for Molecular Biosciences Innsbruck (CMBI),
- 3 Dublin City University / Insight Centre for Data Analytics
- 4 UNIVERSIDADE DO ESTADO DO RIO DE JANEIRO
- 5 DEPARTAMENTO DE QUIMICA ORGÂNICA / INSTITUTO DE QUÍMICA / Universidade Federal do Rio de Janeiro
- 6 Institute for General, Inorganic and Theoretical Chemistry, Center for Molecular Biosciences Innsbruck (CMBI),
pyPolyBuilder: An automated software to create molecular topologies and initial configurations of arbitrary supramolecules for molecular dynamics simulations.
Mayk Caldas Ramos
Universidade Federal do Rio de Janeiro
Abstract
Sistemas cada vez mais específicos tem sido desenvolvido.
O desenvolvimento de técnicas teóricas para estudo de moléculas maiores acompanha essa tendência.
Contudo, a construção de arquivos de coordenadas e de topologias moleculares para a realização de simulação de dinâmica molecular é uma tarefa cansatíva e de fácil erro humano.
Para facilitar a construção e a confiabilidade desses arquivos, o pyPolyBuilder foi desenvolvido.
Ele é um software independente destinado a construção de moléculas arbitrárias de forma generalizada e de fácil utilização.
Streamline your Scholarly Event
With nearly 200,000 papers published, Galoá empowers scholars to share and discover cutting-edge research through our streamlined and accessible academic publishing platform.
Learn more about our products:
Mayk Caldas Ramos
Olá! Muito obrigado pelo interesse!
Os dendrímeros, por exemplo, que são mostrados na apresentação tem escala nanométrica. Então, sim, o pyPolyBuilder foi desenvolvido justamente para criar topologias de sistemas poliméricos que em escala nanoparticular.
A única ressalva que eu tenho à fazer, é que sobre a geração da geometria inicial. A geometria inicial gerada é otimizada em vácuo. O que pode resultar em uma estrutura diferente da esperada quando solvatada. Por isso, indicamos que uma minimização de energia seja feita em um pacote de simulação do sistema solvatado. Mas sim, o pyPolyBuilder pode ser usado para criar nanopartículas poliméricas à partir dos blocos de construção mais simples que as compõe :)
Abraço!
Mayk