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Paulo Augusto Netz e outra pessoa responderam o tópico "perguntas e sugestões"

Publicação: Theoretical simulations for the Delta variant of SARS-CoV-2 for understanding the evolution of structural stability

 

Olá Micael

Muito interessante e relevante o trabalho de vocês.

Uma pergunta: no setup da dinâmica molecular, está

correta a indicação de que o tamanho da caixa é de 10 A?

Não seria 10 nm? Pela minha experiência o RBD da Spike

não cabe numa caixa de 10 A, ainda mais que ele não pode

interagir com a própria imagem periódica. Eu simulei com uma

caixa de mais de 80 A de aresta, com 19 000 moléculas de água

e também íons.

Outra questão: a simulação dinâmica molecular é ainda muito curta

para se ter alguma ideia mais quantitativa.

No entanto, sigam adiante, o trabalho vale a pena.

Se quiserem conferir, tenho trabalhos similares:

 

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/07391102.2021.1975569

 

 

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.16.452571v1

 

Abraços

 

Paulo Netz

 

 

 

 

 

 

12/11/2021
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