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Gabriel Rodrigues Coutinho Pereira respondeu o tópico "Dúvidas"

Publicação: In silico analysis of human SOD1 protein variants related to Amyotrophic Lateral Sclerosis

Excelente seu trabalho! 

Você tem pretensões de realizar uma decomposição de energia MM-PBSA, por exemplo? Suas análises foram excelentes, mas acho que seria interessante estimar a energia livre de interação em consequência das variantes. Confesso que acho muito abstrato as análises de dinâmica molecular, e por isso geralmente recorro as análises de decomposição de energia. 

Eu, juntamente com meu orientador realizamos uma abordagem semelhante, mas aplicado ao estudo da variante Delta do SARS-CoV-2. Contudo, infelizmente venho tendo muitas dificuldades para obter algo conclusivo a partir da dinâmica molecular. Será que a afinidade com anticorpos realmente se altera diante das variantes? Esta é uma pergunta que tenho dificuldade para responder unicamente a partir das análises de RMSD, RMSF, dentre outras. Por fim, achei excelente o tempo de suas simulações, o que garante que as diferenças não são resultado de um comportamento meramente estocástico. 

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Rodolfo Enrique Izquierdo Soto e outra pessoa responderam o tópico "Congratulations and questions, Rodolfo Izquierdo TCG– UFRGS"

Publicação: Role of coulomb interactions and density on the viscosity and non-newtonian behavior of ionic liquids – a molecular dynamics study

Good afternoon, congratulations, . Dr. Bernardino, the chemical modification of the cations in ionic liquids could guide their application as new materials for catalysis and more recently as materials for the storage of gases. How is the performance of your models in the presence of cations with greater structural complexity, i.e., larger and substituted cations?

I know that is not the focus of your research, however, with the goal of in silico design of new ionic liquids, do you know of any precise theoretical description model for melting and boiling points for complex ionic liquids?

 

Thank you, excellent presentation.

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Marco Aurélio Euflauzino Maria e outra pessoa responderam o tópico "A nova parametrização para o Sarin e seus derivados"

Publicação: Sarin-air mixture filtration by a porous rGO: a molecular dynamics study

Olá Marco.
Parabéns pelo excelente trabalho.

Para mostrar que as propriedades observadas independem dos parâmetros, eu gostaria de sugerir que, se possível você avalia-se os novos parâmetros para o Sarin e os seus derivados publicados recentemente:

"Force Fields for Molecular Modeling of Sarin and its Simulants: DMMP and DIMP"
Alina Emelianova, Elizaveta A. Basharova, Andrei L. Kolesnikov, Evaristo Villaseco Arribas, Ella V. Ivanova, and Gennady Y. Gor*
Cite this: J. Phys. Chem. B 2021, 125, 16, 4086–4098
Publication Date:April 19, 2021
https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c10505

Contudo, a pergunta é se a interação do sarin ocorre entre o O2s e Hhyd e Hcarb, como este efeito afeta a pressão?

Muito obrigado.

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Ana Carolina Ferreira de Albuquerque respondeu o tópico "Metodologia de Cálculo"

Publicação: Estudo da estrutura tridimensional de peptídeos zíperes de triptofano através de cálculos de deslocamentos químicos de ¹H e simulações de Dinâmica Molecular

Boa noite Ana, obrigado pela apresentação. Na sua metodologia você disse que retirou um frame a cada 100 ps e realizou a otimização da geometria no nível HF/3-21G. Pergunta(s): 1) como este nível de cálculo irá afetar os seus resultados pois, a base além de ser pequena não inclui polarização e o método não inclui correlação eletrônica. (2) não seria melhor pegar as estruturas vindas diretamente da simulação e obter os dados de RMN de forma média sobre as configurações ? Qual o impacto dos diferentes tipos de volta beta ? Me desculpe mas eu não entendi pois, independente do tipo, continua sendo volta beta.

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Maurício Gustavo Rodrigues respondeu o tópico "Interessante"

Publicação: Theoretical Studies on the Cellulose – Zwitterionic Drugs Interaction by Computational Simulations.

Olá, Júlio, tudo bem? Muito interessante seu trabalho e apresentação. Bem bacana. Não é exatamente uma pergunta pertinente, porém de interesse. Tens algum interesse prático na adsorção de drogas zwiteriônicas na celulose? Fiquei bastante interessado no porquê fazer essas contas, primeiro porque nem nunca vi nem nunca pensei nesse problema, segundo porque penso em algumas coisas parecidas com isso. É importante destacar que se a resposta for não, faça ainda mais essas contas, afinal tem um sistema de grande interesse e pouco desenvolvido. 

 

Obrigado, parabéns novamente.