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Pablo Andrei Nogara respondeu o tópico "Dúvidas sobre a metodologia empregada e forma da PLpro"

Publicação: Disulfiram derivatives as potential PLpro inhibitors: an in silico study

Oi Pablo, bela apresentação e trabalho. Tenho algumas dúvidas e comentários em relação ao trabalho, se puder me esclarecer por favor. 1 - Muitos trabalhos indicam que a díade catalítica da PLpro está como par iônico (Cys-/His+), pela imagem que você apresentou da docagem, você considerou esses resíduos na forma neutra, pode me dizer porque optaram por isso? 2 – Por que optaram por realizar a docagem não covalente ao invés da covalente? 3 – Por fim, a PLpro tem um loop no sítio ativo que se fecha com a presença do ligante/substrato, vocês consideraram isso de alguma maneira na docagem (deixando as cadeias laterais flexíveis, por exemplo)? Obrigado.