Anais do Simpósio Brasileiro de Química Teórica
Anais do XXI Simpósio Brasileiro de Quimica Teórica - Vol. 1 2021

Boa tarde, Haroldo

Bem interessante seu trabalho, especialmente por combinar várias abordagens bem distintas.

Tenho apenas uma sugestão ao comparar gráficos de g(r) entre sistemas distintos, a intensidade do pico pode levar a conclusões erradas sobre ter mais ou menos moléculas solvatando determinado sítio, pois a mesma é a densidade local dividida pela densidade total da espécie em questão no sistema. Minha sugestão é tentar mostrar o número cumulativo de moléculas na primeira camada junto com as curvas de g(r) ao comparar sistemas de densidades distintas, pois esse valor é independente de mudanças na densidade de partículas. Claro, no pôster o tempo é bem limitado e talvez não desse tempo de discutir esse outro dado, mas acho interessante mostrar quando possível para evitar que o leitor associe um pico de g(r) mais intenso em um dado sistema a ter mais daquela espécie solvatando.

Mais uma vez, parabéns pelo trabalho!

Kalil

Primeiramente, parabéns pelo trabalho! Quantas janelas você usou para o cálculo de energia livre (MBAR)?

Olá Suzana, fiquei curioso em saber porque apenas 1/3 das estruturas selecionadas pelo EON passaram pela etapa seguinte de avaliação toxicologia apesar de serem todos fármacos comercializados.

Olá Alexandre, excelente apresentação (principalmente o inglês). Tenho bastante interesse em moléculas homonucleares planares para alguns estudos que ando desenvolvendo. Pelas figuras, me pareceu (mas não ficou garantido) que alguns dos polinitrogênios eram planares. Saberia me indicar uma ou mais referências onde posso encontrar exemplos de tais estruturas planares (ou lineares)? Mesmo que a estabilidade seja baixa, elas servem pois vou trabalhar apenas bem próximo da posição de equilíbrio.

Forte abraço e boa sorte na continuidade das pesquisas.

Olá Gloria,

Parabéns pelo trabalho! Restou-me uma dúvida. Você também calculará as cargas parciais para incluí-las na paremetrização? Se sim, que método você usará?

Acassio, parabéns pelo trabalho! a metodologia se mostra bem eficiente e com boa correlação com dados experimentais. Se eu entendi, os cálculos de energia de interação são feitos a partir de estruturas de um único frame da simulação. Se tivessemos um ligante com duas conformações igualmente populadas no sítio ativo, como realizariamos os cálculos da energia de interação? Obrigado.

Olá Glória.

Parabéns pelo trabalho.

Por gentileza, vocês investigaram os efeitos de solventes. Eles são importantes na descrição de parâmetros em meio biológico.

Há uma iniciativa para a parametrização de compostos de coordenação pelo grupo do Prof. Hélio F. dos Santos. da Universidade Federal de Juiz de Fora, de uma olhada no artigo:

Yesylevskyy, S., Cardey, B., Kraszewski, S. et al. Empirical force field for cisplatin based on quantum dynamics data: case study of new parameterization scheme for coordination compounds." J Mol Model 21, 268 (2015). https://doi.org/10.1007/s00894-015-2812-0

Muito obrigado.

Boa noite, Acassio! 

Parabéns pelo trabalho! Minha questão é referente possíveis efeitos de solvente e de erros de superposição de bases. Esses efeitos foram considerados nas suas simulações? Talvez o erro de superposição de bases seja sistemático, mas não estou tão certo quanto a possíveis efeitos de solvente visto que os inibidores apresentam muitos grupos próticos.

Grato,

Kalil

Olá Cristiano, tudo bem? Queria saber como o método foi implementado, ou se vocês usaram algum software existente, e se vocês tem perspectivas de fazer esse tipo de estudo para reações com mais etapas, ou com reações que incluam etapas reversíveis.

Olá Osmair! Como vai? Espero que esteja bem! 

Bem interessante seu trabalho! Uma curiosidade que ficou é sobre como você selecionou os 4066 compostos de partida. Isso você selecionou de algum database de medicamentos ou algo assim? E essa etapa inicial do screening é automatizada?

 Abraços!

 Kalil

Olá Mariana,

Parabéns pela apresentação/trabalho!

Vocês entenderam pq a inclusão das correções relativísticas são importantes nesse caso (fisicamente e/ou quimicamente) ?

Abraço,

Márcio

Oi Mariana

Parabéns pelo seu trabalho!

Eu tenho algumas dúvidas. Por favor, você poderia esclarecê-las?

1) Eu não consegui entender a análise feita na Fig. 5 onde você conclui sobre o melhor nível de teoria que deve ser usado no estudo. Por favor, você poderia ser mais explícita no raciocínio empregado?

2) Como os valores de delta-G de ativação (experimentais) foram obtidos? Minha curiosidade sobre isto é saber se a sua metodologia é compatível com o método experimental, a fim de que comparações pudessem ser feitas.

Obrigado

Eduardo

Boa noite, Alessandra. Muito legal o trabalho, parabéns! Vocês têm a intenção de tornar a metodologia geral para poliatômicas? E estender para coeficientes mais altos usando técnicas de Monte Carlo para as integrais configuracionais? Obrigado!

Bom trabalho Lucas Chuman!

Hi Manoel. That is a very well performed work and discussion. You're english is also outstanding. Congrats. 
Can you comment a bit on how did you choose the among the many possible permutations of different atoms  (homotops) for each alloy?

In slide 2 it is written that the geometrical shapes were not optimized in a global optimzation, but were fixed in known arrangemtents. Did I understand correctly?

Excelente trabalho e apresentação, parabéns! Ia perguntar sobre o efeito do solvente naqueles rendimentos experimentais, mas ao fim da apresentação você incluiu como perspectiva! Continue...

Oi Júlio, parabéns pela ótima exposição e pelo trabalho interessante. abraços, Itamar

Oi Amanda, parabens pelo trabalho!

Fico feliz com o avanço, desde que conversei com a Natalia a respeito do projeto há alguns anos atras.

Poderia me enviar o PDF do artigo que voce mecionou. Fiquei curioso a respeito das ligacoes de hidrogenio

que voce deu tanta importancia na apresentacao.

Abracos

Helio.

Olá Pedro. Muito boa sua apresentação.
Eu gostaria de saber se vocês já tentaram verificar a presença desses confôrmeros experimentalmente.
Trabalhamos com uma técnica chamada espectroscopia IRMPD e acredito que alguma análise como essa pode ser útil no caso de vocês.
Bom trabalho!

Oi Caio. Existe alguém que fez algo parecido na literatura?

Olá, Murillo! Parabéns pelo trabalho! Tenho uma pergunta: você acha que efeitos de tunelamento de próton podem ser importantes neste tipo de reação? Seria possível investigá-los? Obrigado!

Olá Diane, trabalho muito legal! Tenho algumas dúvidas e sugestões. 1) Por que você combinou duas famílias de bases distintas, as bases de Pople e Karlsruhe? 2) Sugiro realizar um estudo de reatividade utilizando alguma reação modelo ao invés de utilizar o gap homo-lumo, já que o mesmo não descreve adequadamente a estabilidade e nem a reatividade. 3) Como a energia e as intensidades de transição se comparam com os resultados experimentais? 4) Para as transições que envolvem os orbitais do "Ru", você pretende fazer um benchmark utilizando métodos MCSCF? Acho importante checar se o TDDFT descreve bem as transições d-d e MLCT.

Oi, Mariana! Excelente apresentação e muito interessante seu trabalho!

Por que vocês decidiram avaliar o caminho de reação concertado (SN2) para entrada da água e saída do cloreto? Esse é o mecanismo esperado para reações da cisplatina e corresponde aos valores experimentais que você usou como referência na comparação dos métodos avaliados? Há outras possibilidades mecanísticas SN1 (que começa pela etapa associativa do cloreto ou dissociativa da água), mas não sei se são razoáveis para reações com Pt.

Outra dúvida: todas essas funções de base avaliadas já estão disponíveis no ORCA ou vocês tiveram de fazer alguma adaptação?

Oi Francisco, valeu pela apresentação; como você define conceitualmente essa ligação de hidrogênio intramolecular? 

Parabéns pelo trabalho e apresentação, Lucas.

Como foi feita a minimização de energia? Usando qual algoritmo?

E vocês pretendem também realizar estudo de dinâmica/cálculo de energia livre com as mais promissoras?

Obrigado.

Oi Joyce

Parabéns pelo seu trabalho!! Pelo número de complexos estudados (103) é possível saber que foi um trabalho muito árduo.

Eu tenho algumas curiosidades e gostaria, por favor, que você fizesse alguns esclarecimentos:

1) Você otimiza as geometrias com um funcional/função de base (sem efeito relativístico) e depois calcula o deslocamento químico usando um outro funcional (e com efeito relativístico incluso). Esta metodologia foi testada (comparando resultados calculados com resultados experimentais) para quantos complexos de Pt(II)?

2) Quando você diz que a metodologia 3 é mais eficiente porque retira a necessidade de se calcular o deslocamento para o composto padrão de Pt, isto também não tira a possibilidade de corrigir-se erros computacionais que se anulariam? Ou seja, nenhuma metodologia é à prova de falhas mas, quando você aplica a metodologia para o padrão e para o composto estudado, estes erros poderiam cancelar-se. Na metodologia 3, não há esta possibilidade.

Obrigado por sua atenção

Eduardo

Oi, Milena, parabéns pela apresentação e pelo seu trabalho! Muito interessante.

Como o objetivo do seu trabalho é validar um protocolo computacional, você avaliou a influência de outras funções de base, além da NMR-DKH? Pergunto isso porque agora você tem outro centro metálico importante no sistema. 

Olá Evani! A estrutura do elemol já há muito é conhecida. Qual o problema com a sua estrutura? Estou tentando entender a motivação para o trabalho. 

Oi Henrique

Parabéns pelo seu trabalho!

Eu tenho algumas dúvidas e curiosidades sobre ele e gostaria, por favor, que você pudesse esclarecer-me:

1) Quando você compara as energias entre V1, V2 e V3, você encontrou que V3 é o mais estável. Isto não é curioso porque neste composto, diferentemente de V1 e V2, há dois átomos maiores (Br e Cl) que substituíram os átomos de F. Isto não é estranho?

2) Há alguma explicação para que a energia de ativação de V2 (na reação com H2) seja menor que as demais? Se comparada com V3 é compreensível porque há dois substituintes grandes, o que deve causar um impedimento estéreo grande mas, a diferença com V1 é pequena. Eu diria que V1 e V2 são razoavelmente similares.

3) Na sua publicação de 2017, você diz que o APUAMA é um software livre. Por favor, onde e qual é o procedimento para se conseguir uma cópia dele? Eu tenho um trabalho de catálise e gostaria de testa-lo.

Obrigado por sua atenção

Eduardo

Parabéns pela apresentação Francisco, queria saber quais são as perspectivas do seu trabalho. Obrigado.

Boa noite Wellington,

Bem interessante, eu particularmente não fazia ideia da existência de alótropos de nitrogênio e seu trabalho me chamou atenção.

O que tenho é mais questões a respeito da estabilidade dele na fase sólida. Já houve determinação do ponto de fusão do mesmo? Ele pode existir como sólido em pressão ambiente ou demanda pressões elevadas?

Além disso, se entendi corretamente, na fase sólida ele ainda existe como moléculas isoladas, correto?

Grato,

Kalil

Olá Samantha, parabéns pela apresentação! O tópico é muito relevante. Fiquei com uma duvida com relação aos resultados. Entendi que obteve uma energia de interação de quase 400 kJ/mol. É da ordem de uma ligação química! Que interação é esta? Entendi que usou MM, de forma que seria uma interação intermolecular, não é isso? A energia de ligação não seria o DG da espécie adsorvida menos a mesma em solução? Obrigado.

Oi Amanda, parabéns pelo trabalho e pelo paper. Bacana a aplicação da QQ a um problema prático. (1) - Quantos átomos tem o teu sistema ?  (2) Ele é um cristal ou um amorfo? No primeiro caso, seria interessante incluir cargas elétricas para simular o potencial de Madelung que o caracteriza. Isso deve levar a melhores resultados e a convergencia das outras funções de onda. Um abraço.

Prezada, parabéns pelo excelente trabalho.

1) Vocês usaram a regressão para realizar classificação: estrutura correta e incorreta?

2) Como vocês definem se certa estrutura é correta ou incorreta?

Obrigado! 

Prezado Wellington,

Parabéns pela apresentação/trabalho. Porque vocês utilizaram o siesta? Pensaram na possibilidade  de confirmar os parâmetros cristalográficos via uma aproximação PAW (exemplo, usado VASP)?

Obrigado.

Caro Gabriel, belo trabalho

Eu teria as seguintes perguntas:

1) O complexo de Ru estudado é uma proposta original do trabalho ou vocês investigam um complexo já conhecido/proposto?

2) O seu trabalho prevê a espécie cis ou trans como catalisador mais eficiente? Ou seriam equivalentes?

Obrigado!

Marcio

Primeiramente, parabéns pelo trabalho! Dado que vocês estão fazendo o design dos receptores artificiais, será que não seria bom, também, calcular a energia livre (\Delta G) de formação do complexo receptor-MDMA? Eu entendo que (1) o tamanho dos oligômeros pode ser um gargalo e (2) a energia de interação contém informação relevante a respeito da interação entre o receptor e o ligante, mas dado que os receptores podem se comportar de maneiras distintas no solvente (água, eu presumo), não seria importante também calcular uma quantidade mais diretamente relacionada a constante de equilíbrio?

Olá, Márcio. Muito interessante seu trabalho, parabéns pela apresentação. Minha dúvida é mais uma curiosidade: o resultado para os nanotubos oxidados com e sem os debris foi o mesmo? Obrigada

Boa tarde, Alexandre. Parabéns pelo trabalho!

As estruturas e os valores de energia que você reporta foram obtidos otimizando esses complexos de forma isolada ou consideraram moléculas de água de forma explícita como solvente em algum momento? Consideraram temperatura?

Obrigado.