Anais do Simpósio Brasileiro de Química Teórica
Anais do XXI Simpósio Brasileiro de Quimica Teórica - Vol. 1 2021

Ola Caio, parabens pela originalidade do seu trabalho. Precisamos de mais trabalhos de base desse tipo. Gostaria de entender melhor a questao do gradiente nulo. Voce aborda na apresentacao que a condicao de dE = 0 nos leva a tres possiveis condicoes (minimo, maximo e ponto de sela). Dai como podemos ter certeza se o calculo do gradiente nos levou ao minino?  

Oi Vanessa!

Excelente trabalho. Parabéns.

Quando você fala em forma biologicamente ativa, você fala do pH fisiológico, 7,3-7,5 ou está estudando outro microambiente?

Oi Nicolas, meus parabéns pelo bonito estudo, seria interessante para o seu trabalho levar o efeito do solvente em consideração nos cálculos? se sim, em que aspecto? 

Olá Nicolas, interessantíssimo o trabalho de vocês, e incríveis os resultados. Fiquei com uma dúvida sobre o desempenho da da SiC, o grafeno é conhecido por ser um excelente ânodo, e vocês conseguiram um material com maior desempenho, há uma explicação química para isso? Algo na estrutura ou na parte eletrônica?

Olá Luis, bastante legal. Pretende avaliar a estabilidade termodinâmica das estruturas antes e depois da passivação? Assim ficará mais evidente o quanto a peroviskita ganha em termos da estabilidade induzida pela molécula orgânica.

Boa noite, Lucas.

Parabéns pelo excelente trabalho.

Qual seria a aplicação final do seu trabalho (dos achados)?

Boa noite, Caio.

Excelente apresentação e, além disso, muito didática. Conseguiu tornar o assunto altamente complexo em um pouco mais inteligível.

Eu gostaria de saber apenas quas foram as suas motivações para implementar um algoritmo para essa pesquisa.

Abraços.

Excelente trabalho, parabéns. Você saberia informar se sua metodologia poderia ser aplicada para análise do tunelamento em junções josephson? São sistemas onde dois supercondutores são separados por uma fina camada isolante e os elétrons tunelam através desta camada entre os supercondutores.

Gabriel, ótimo trabalh. Parabéns! Me tire duas dúvidas. 1) Quando você propõe as duas curvaturas, você imaginava que fossem aparecer espirais ou foi algo não planejado? 2)  Você pretende trabalhar com outras espirais ou propor novas curvaturas de diferentes curvas?

Felipe, muito bom. Quando você fala de conjuntos de treinamento e previsão é pra dizer que você utilizou um algoritmo de aprendizado de máquina?

Excelente trabalho Hisla, parabéns. Só por questão de curiosidade mesmo, você tentou fazer alguns desses seus cálculos usando a distribuição de cargas APT? Elas são geradas em cálculos de frequência pelo GAUSSIAN. Se você tiver interesse em tentar essa abordagem, vamos conversar. Meu e-mail: [email protected]

Olá Daniel, excelente apresentação.
Como foram obtidas as geometrias com as moléculas de água? Foi feito o IRC ou algum outro processo de varredura?
Foi considerado um modelo de solvente contínuo, como PCM?

Oi Pablo, bela apresentação e trabalho. Tenho algumas dúvidas e comentários em relação ao trabalho, se puder me esclarecer por favor. 1 - Muitos trabalhos indicam que a díade catalítica da PLpro está como par iônico (Cys-/His+), pela imagem que você apresentou da docagem, você considerou esses resíduos na forma neutra, pode me dizer porque optaram por isso? 2 – Por que optaram por realizar a docagem não covalente ao invés da covalente? 3 – Por fim, a PLpro tem um loop no sítio ativo que se fecha com a presença do ligante/substrato, vocês consideraram isso de alguma maneira na docagem (deixando as cadeias laterais flexíveis, por exemplo)? Obrigado.

Boa tarde, Neubi! Bem interessante seu trabalho! Tinha algumas questões quanto a metodologia mas elas já foram respondidas ao responder o professor Ricardo no outro comentário. Mas tenho uma dúvida ainda quanto a uso de diferentes níveis de teoria para as fases sólida (PBE-D3) e gasosa (CCSD(T)). O uso de diferentes níveis de teoria não pode ocasionar erros sistemáticos ao calcular diferenças em propriedades termodinâmicas entre elas? Não seria melhor usar o mesmo método para ambas? Ou foi empregada alguma correção que dependesse de usar um método mais custoso na fase gasosa? 

Grato,

Kalil

Muito interessante seu trabalho, parabéns!

Boa tarde, Guilherme, gostaria de parabenizá-lo pelo trabalho realizado, achei ele bem interessante. Tenho algumas dúvidas: 1) Estas funções de onda que você otimiza tem significado físico? 2) Vi que no tópico anterior você tinha dito que são gerados pontos aleatórios para a sua construção da função. Com as várias simulações que fez, conseguiu ver se esta função se ajusta ou parece com uma determinada forma funcional? Att

Olá Neubi, muito interessante o trabalho de vocês.

A pressão de vapor estimada por Clausius-Clapeyron tem sempre um valor superior

à experimental a uma dada temperatura. Vocês tem alguma explicação para este

desvio sistemático?

Abraço

Paulo Netz

Hi Mateus! Very interesting and intrincated PES. I want to ask about the singlet/triplet crossing: Did you find the actual geometries where this occurs (the MSX1, if I understood correctly)? At each level? How much a spin-orbit coupling could affect this characterization?

                 Furthermore, you is the PES of C + NH3, the isovalent system you compare with, fully characterised? Are their TS and intermediates similar to what you obtained?

Olá Lucas, belo trabalho! Tenho duas dúvidas. 1) Você usou a rotina CREST do xTB ou pegou as estruturas das trajetórias das dinâmicas e aplicou a "cluster analysis"? 2) Por que você não usou os métodos compostos com funcionais "3c" do Grimme? Costuma ser rápido com resultados razoáveis para moléculas orgânicas e biológicas.

Oi Mateus

Parabéns pelo seu trabalho!

Por favor, eu tenho algumas dúvidas, você poderia esclarecê-las?

1) Os funcionais da família M06(X, 2x, etc) estão ficando famosos por reproduzirem bem os resultados para compostos muito similares aos utilizados no seu desenvolvimento e parametrização. Há algum composto parecido com o seu que tenha sido usado no desenvolvimento do M06-2x?

2) Você chegou a testar com algum outro funcional ou com alguma correção de dispersão?

3) Qual software você usou no seu trabalho?

Obrigado pela atenção

Eduardo

Boa noite Jéssica,

Parabéns pelo trabalho. Fiquei com algumas dúvidas.

- A proteína PDB ID 4PTW não parece se referir ao complexo alvo do seu trabalho. Por favor, reveja seu código, pois acho que é 4TPW (você inverteu "T" com "P"!)

- Por que vocês usaram as bases Pharmit e ZinPharmer? Alguma razão específica?

- O (re)docking foi realizado usando qual proteína do complexo, eIF4E ou eIF4G?

Olá Bárbara, trabalho interessante. Tenho algumas dúvidas. 1) Qual seria o efeito da troca de Cl por F e/ou Br? 2) O solvente explícito pode ser importante nessas reações, pretende testar esse efeito também?

Olá Bárbara, excelente trabalho, meus parabéns, é um estudo muito rico. A respeito dos resultados da energia de ativação do sistema SN2 e da energia de formação do carbocátion no SN1 considerando o efeito de solvatação, qual o solvente adotado no modelo de solvatação implícita do estudo realizado? A análise realizada quanto o efeito do solvente na estabilização dos íons presentes nas etapas reacionais de ambos os mecanismos poderiam variar de formas distintas ao considerar outros tipos de solvente e suas polaridades, representadas pela dieletricidade no modelo de solvatação implícita? Por último, como poderia ser interpretado a atuação do solvente ao reduzir a energia de formação do carbocátion no SN1, enquanto que o solvente promove um aumento da barreira energética no estado de transição do SN2? Novamente, parabenizo seu trabalho e sua apresentação. Att., Antonio Douglas Guedes.

Olá,

Parabéns pelo trabalho. Você poderia dizer a importância do dE e dEstrain na análise do slide 8? Agradeço. 

Olá Mariana, bastante interessante o seu trabalho. Tenho algumas questões. 1) Como era de se esperar, a presença de hidrogênio leva a um desvio maior do modelo harmônico devido a alta anarmonicidade de estiramentos C-H e similares. Você não gerou "scaling factor" em função do tipo de vibração ou da região da frequência? Isso seria interessante. 2) Por que você não usou funcionais híbridos duplos como o B2PLYP? Esse funcional apresenta em geral uma precisão maior para geometrias e frequências harmônicas. 3) Como você lidou com as frequências com menos de 100 cm-1 para o cálculo da entalpia? Essas frequências em geral possuem um grande erro numérico. 4) Poderia me dar mais detalhes do cálculo anarmônico? Como você fez para utilizá-lo na correção do harmônico? Pergunto isso porque existem diversos protocolos para isso como VSCF e VPT2.  Além disso, o cálculo anarmônico gera sempre mais bandas, em particular na região acima de 2500 cm-1 (bandas de combinação/overtones).

iOlá Eduardo, parabéns pelo interessante trabalho, sucesso ! E sua abordagem para supercondutores a altas temperaturas - ela pode ser adaptada ?

Excelente trabalho Karine. Pretende ver o efeito da troca de Cl por F e Br? Parabéns!

Prezados Régis e Maria

Parabéns pelo seu trabalho!

Por favor, eu tenho algumas dúvidas, vocês poderiam esclarecê-las?

1) Como iodo é um elemento de alto número atómico, vocês não sentiram a necessidade de usar uma metodologia relativística?

2) Vocês não tentaram usar uma outra base de caroço efetivo, tal como LANL3TZ (triple-zeta ao invés da LANL2DZ)?

Obrigado

Eduardo

Parabéns pelo trabalho, incrível!

Como há quebra da ligação O2 na superfície 001, é possível avaliar a cinética do processo?

 

Excelente trabalho !!!

Esse estudo ajuda a identificar um solvente majoritário para que a reação seja cineticamente viável ?!

Parabéns pelo trabalho Mari! Vocês fizeram algum critério na escolha dos 10 funcionais ou os funcionais utilizados foram selecionados aleatoriamente?

Hi Carlos, I have been looking for some time to study something about ADC, of which I knew nothing, and this was a good way start, thanks for the talk!         I have some curiosities about it:         If I understood correctly, what you obtain from ADC are excitation energies directly; You don't have access to total electronic energies, is this right?         You say that it can be improved systematically, and make a parallel with perturbation theory. Does it converge to FCI excitation energies? Or it might diverge, like perturbation theory?          You answered in a question, now for the MR case, that MCSCF is used only to get a ground state, and on top of which ADC comes and give excitation energies. I don't know if this has any practical relevance, but what if you start with a excited MCSCF wave function? I guess that some of these excitation energies (relative to this chosen wave function) will be relative to new states (not obtained from ADC on top of ground state), some other to the same.... Do they compare well? Does it make sense trying ADC starting from an excited state?      Is there any restriction on which type of excited state can be reached, e.g , only dominated by single excitations?        Do you have a control on which state you are targeting? Or they just come in energy order?        Ops, I think that were too many questions... Perhaps the most important: which reference would you suggest to start learning this method?

Ola Wanderson, parabens pelo seu trabalho. Gostaria de perguntar se voce realizou calculos de otimizacao molecular para ambas as estruturas neutra e oxidada (+1). Outra questao, voce considerou a possibilidade da molecula oxidada ser meramente um cation, ou seja, sem haver a abstracao do ions H+ ? Obrigado

Parabéns pelo trabalho Pedro! O Prof. Rogério nunca gostou mesmo da ideia de ter que usar o HLC. Você está ao lado de um cara genial, aproveite!

Como vocês fizeram o novo campo de força?

Olá Aline, parabéns pelo trabalho e pela apresentação. Vocês avaliaram a influência de interações não covalentes no mecanismo? Após a validação do mecanismo vocês pretendem estudar sistemas bioinspirados para catalisar reações desse tipo?

Parabéns Caio, muito interessante. Qual é a demanda computacional do seu método em comparação com o SCF/DIIS? A vantagem do seu método é combiná-lo com o SCF/DIIS para convergência mais rápido ?

Parabéns pelo trabalho, Pedro! Muito bacana! Uma questão que não ficou claro para mim: qual a barreira total (DG) obtida na reação?

Boa tarde, Caio. Parabéns pelo trabalho!

Você calcula as energias nos pontos de mínimo e de máximo usando algum método de estrutura eletrônica e depois faz a regressão para o seu potencial, certo? As energias utilizadas levam em consideração correção de ponto zero ou elas de certa forma se compensam? Isso influencia tanto quanto a "qualidade" das energias eletrônicas obtidas em cada ponto?

Obrigado!