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Paulo Augusto Netz and 1 other person replied to the topic "perguntas e sugestões"
Publication: Theoretical simulations for the Delta variant of SARS-CoV-2 for understanding the evolution of structural stability
Olá Micael
Muito interessante e relevante o trabalho de vocês.
Uma pergunta: no setup da dinâmica molecular, está
correta a indicação de que o tamanho da caixa é de 10 A?
Não seria 10 nm? Pela minha experiência o RBD da Spike
não cabe numa caixa de 10 A, ainda mais que ele não pode
interagir com a própria imagem periódica. Eu simulei com uma
caixa de mais de 80 A de aresta, com 19 000 moléculas de água
e também íons.
Outra questão: a simulação dinâmica molecular é ainda muito curta
para se ter alguma ideia mais quantitativa.
No entanto, sigam adiante, o trabalho vale a pena.
Se quiserem conferir, tenho trabalhos similares:
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/07391102.2021.1975569
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.16.452571v1
Abraços
Paulo Netz
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