Anais do Simpósio Brasileiro de Química Teórica
Proceedings of the XXI Brazilian Symposium on Theoretical Chemistry - Vol. 1 2021

Muito bom seu trabalho. Só uma coisa que pensei, vocês conseguem plotar o gráfico para as diferentes abordagens? Se sim, há alguma mudança no comportamento dos picos? Peço desculpas se isso foi comentado.

Hi Gabriel! I enjoyed a lot watching your video and learned a few things about Xray spectroscopic! You are going in an insightful research direction, instead of just crunching out numbers. I appreciate that, and frankly I wish I had the opportunity of doing that more often in my group.  Congrats!    The clusters are rigid at their experimental bulk equilibrium distances? 

Hi Gabriel, very nice work! Probably TDDFT do not reproduce the correct vertical energy. Did you use any energy shift in your theoretical spectra? If so, do you use the same shift along the CO-surface distance?

Parabéns pelo trabalho Isabela, orientador e demais participantes.

Eu fiquei com uma dúvida com relação ao método empregado nos cálculos de RMN. Pelo que eu entendi, você usou os 4 funcionais DFT com a função de base 6-31+G(d) nos cálculos de otimização e frequência. Mas não ficou claro qual método empregou no RMN? Foram os mesmos funcionais e função de base? Caso tenha sido, vocês não acham interessante utilizar funções de base de qualidade triplo-zeta nos cálculos de RMN?

Dear Julia.

Congratulations for your presentation and paper.

However, in 2016, Enrico Benassi published a similar benchmarking in:

"Benchmarking of density functionals for a soft but accurate prediction and assignment of 1H and 13C NMR chemical shifts in organic and biological molecules"
by Enrico Benassi
Journal of Computational Chemistry, Volume 38, Issue 2, p. 87-92
https://dx.doi.org/10.1002/jcc.24521

In that, he presented the two hybrid generalized-gradient approximation density functionals, WC04 and WP04, optimized for the prediction of 13C and 1H chemical shifts with equivalent errors. 

More information about it:

"Hybrid Density Functional Methods Empirically Optimized for the Computation of 13C and 1H Chemical Shifts in Chloroform Solution"
by Keith W. Wiitala, Thomas R. Hoye, and Christopher J. Cramer
J. Chem. Theory Comput. 2006, Volume 2, Issue 4, p. 1085–1092
https://doi.org/10.1021/ct6001016

So I would like to suggest that you take a look in these papers.
Best Regards.

Boa tarde, Andreza, 

Primeiro, parabéns pelo trabalho e o tema é muito interessante e relevante. Tenho algumas dúvidas:

1) De onde são as constantes roto-vibracionais para o cálculo das frequências? Elas foram calculadas? 

2) O gráfico ao final da apresentação não ficou muito claro. Poderia esclarecê-lo?

Att

Ola, Andreza. Parabens pela apresentacao.

Voce acha que mais estudos podem ser realizados teoricamente sobre tais moleculas nas manchas solares?

Alem disso, qual modelo poderia ser proposto para verificacao de sistemas moleculares maiores do que di- ou triatomicos?

Obrigada.

Boa tarde Andreza,

Parabéns pelo trabalho e excelente apresentação.

Gostaria de saber qual método de cálculo você usou para obter seus resultados?

Muito obrigada.

Oi Andreza, muito legal o trabalho!
Quando voce apresenta a primeira equaçao, voce diz que we é  a consante de contribuiçao anarmonica. Mas nao seria Xe?
Voce calculou essas constantes espectroscopicas?
Att

Olá Andreza, Excelente trabalho.

Gostaria de saber pq o HCN não é considerado presente na mancha solar, pois o resultado final mostra como pico intenso.

Att. Lucas

Andreza, parabéns pelo seu trabalho! Gostaria de comentar/perguntar alguns pontos por curiosidade:

1) Qual seria a constante de formação desses sistemas moleculares à temperatura solar da sua investigação?

2) Você já pensou em adotar o método "Birge-Sponer plot" para determinar a frequência vibracional fundamental e a constante de anarmonicidade para então estimar a energia de dissociação das moléculas diatômicas? Apenas uma correção: \chi_e comumente denota a constante de anarmonicidade, sendo \omega_e a frequência vibracional fundamental.

Olá Guilherme.
Parabéns pelo trabalho.
Contudo, se você está trabalhando com molecular de interesse biológico, você precisa incluir algum efeito de solvente, pelo meno implicito.
A sugestão é uma olhada nos trabalhos do grupo do Prof. Dean J. Tantillo da UC Davis (EUA): 
http://blueline.ucdavis.edu/

em especial as dicas do CHESHIRE CCAT, the Chemical Shift Repository for computed NMR scaling factors, with Coupling Constants Added Too.
http://cheshirenmr.info/Recommendations.htm

Fique atento a escala, a escala de 1H varia de 1 a 10ppm a escala de 13C varia de em centenas de ppm's.
Exemplo: Então um erro de 1ppm na escala de 1H pode significar 10% de erro. Mas 1ppm na escala de 13C é um erro irrelevante.

Sugestão, dê uma olhada no funcional WC04, WP04 e nos trabalhos do prof. Kenneth Ruud da Universidade de Oslo na noruega que desenvolveu o programa Dalton.

Muito obrigado.

Olá Ana, com o nível de cálculo (TDDFT/PBE0) e bases utilizadas existe precisão para discutir alterações menores do que 2 nm? Como vocês definiram o número de moléculas explicitas de água? Por que não fizeram um cálculo ONION de duas camadas aonde a primeira camada (mais interna) é a varfarina "completa" e a segunda (mais externa) é a camada de água?

Parabéns pelo trabalho interessante!

Eu tenho um pergunta relacionada a aplicabilidade desse método ao estudo de mecanismo de reação: suponha que esteja estudando uma reação cujo mecanismo é incerto. Há algumas hipóteses com várias etapas plausíveis que levam ao mesmo produto final. Se as energias de cada intermediário e de cada estado de transição já forem conhecidas, existe alguma forma de, ceteris paribus, usar as componentes do CCTDP para determinar qual seria o mecanismo mais provável, ou seria esse um "passo maior que as pernas" para o método? Há alguma relação entre as energias de ativação e as intensidades da frequência negativa?

Olá Leonardo,

Você testou outros métodos (mais robustos) de cálculo de carga sobre os átomos? Além disso, sabemos que reações SN2 sofrem influência do solvente e o mesmo ajuda a estabilizar a carga. Chegou a testar o seu modelo com solventes no estado de transição (TS)? Por fim, o TS pode estar numa região bastante anarmônica na sua SEP, verificou se a anarmonicidade influencia nos resultados?

Parabéns pelo trabalho, Léo! Abraço p/ Bruns!

Muito interessante essa idéia Leonardo! Nunca havia parado pra pensar sobre isso.

comentarios:
- aos 03:28, qual unidade voce está usando para a frequencia? Voce disse qus são bem intensas, mas não entendi o que voce falou na hora que deu a unidade.

- Sobre essa separacao que voce fez no grafico das contribuicoes C, CT, DP:  Temos algo similar na estrutura de um minimo? ou seja: CT é dominante para as intensidades?

Olá Leonardo.

Parabéns pelo trabalho.

Contudo, estas reações SN2 tem dependência do solvente e acredito que seria um bom teste para teoria CCTDP tentar investigá-los pelos menos implicitamente.

Dá uma olhada aqui:

"Comparison of Free-Energy Methods to Calculate the Barriers for the Nucleophilic Substitution of Alkyl Halides by Hydroxide
by Hafiz Saqib Ali, Jonathan Higham, Sam P. de Visser*, and Richard H. Henchman*
Cite this: J. Phys. Chem. B 2020, 124, 31, 6835–6842
Publication Date:July 10, 2020
https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c02264

Acredito que seria importante avaliar isto também.

Muito obrigado.

Leonardo,

    Parabéns pelo trabalho. Muito interessante. Permita-me uma pergunta: se o termo de fluxo-de-carga é relevante nas coordenadas de reação envolvidas no estado de transição, para uma série de diferentes reações imagino que deveria existir (me corrija se estiver errado), um aumento da intensidade desse modo em função do aumento da carga transferida. Você observou algo nesse sentido?

Parabéns pelo trabalho pessoal, muito legal! Abraço p/ todos vocês!

Olá Leonardo,

Muito interessante seu trabalho, nunca tinha imaginado que havia essa relação do "caminho" de reação com a frequência de vibração. As animações ficaram muito legais mesmo, fica bem evidente os pontos que você mostrou. Fiquei com uma dúvida apenas: como que é determinado essa rota do ataque nucleofílico? Você otimiza uma geometria/configuração inicial e vai incrementando pequenos deslocamentos na direção da coordenada interna que minimiza a energia do sistema?

Parabéns pelo trabalho e até mais (talvez nos vemos pelos corredores do bloco H ou pelo IQ).

Pedro G. Faccin

Oi, Leonardo! Muito interessante seu trabalho.

Vocês chegaram a verificar como a massa influencia em suas análises? 

Prezado, parabéns pelo trabalho.

Algumas curiosidade sobre o método monte carlo (MC) que você trabalha.

1) O método MCQ atua em valores aleatórios da distância Li-Li e para cada valor você faz uma cálculso MCSCF?

2) Ou vocês usam o MCQ para obter os pesos dos determinantes presentes no método MCSCF?

3) Há perspectivas de ir para sistemas triatômicos, Li3? 

Obrigado!

Parabéns pelo trabalho!

1) Vocês estão tentando obter, por meio de dados de RMN e modelagem, a conformação mais provável da molécula?

2) Por favor, a rede neural que vocês mencionam no trabalho foi usada para realizar regressão ou classificação? 

3) Qual descritor vocês usaram para realizar o modelo de rede neural?

Obrigado!

Hi Maurício,
nice to see a Quantum Monte Carlo work (and thanks for presenting in English). I did my PhD in the field. I have a number of questions:
1. What is the QMC method you use? Variational, Fixed node, path integral?
2. Now you have used a Morse potential. In a real molecule you would do the vibrational calculation based on the optimized geometry with the given method. Is the method you use allowing for a geometry optimization? I know some QMC do have gradients.
3. When you compare the resulting vibrational energies: what is your error bar?
Thanks and enjoy the conference.
Annika (Bande)

Olá Iran.

Parabéns pelo excelente trabalho. Muito bem executado.

A contribuição do íon Ln3+ é alta na composição dos estados septeto e noneto do LMCT?

Além disso, as conclusões sobre quenching do LMCT foram baseadas nos valores de energia, né isso? Vocês chegaram a fazer o cálculos das taxas de transferência e resolver as equações de taxas?

Mais uma vez, meus parabéns pelo belo trabalho.

Parabéns pelo trabalho e apresentação, Caroliny.

Vocês chegaram a avaliar a influência da assimetria dos ligantes em ponte nos parâmetros de intensidades calculados? 

Da mesma forma, a assimetria desses ligantes influenciou muito as posições espaciais e energéticas dos estados singleto e tripleto? 

Mais uma vez, parabéns pelo trabalho.

Boa tarde, parabéns pelo trabalho e pela apresentação!

Foi mencionado, durante a apresentação, que algumas estruturas foram testadas, pois não obtiveram o monocristal do composto. Qual procedimento foi adotado por vocês na proposição dessas estruturas testadas?

Uma segunda dúvida, os cálculos realizados no trabalho consideram o efeito do solvente?

Prezada Caroliny,

primeiramente parabéns pelo trabalho. Gostaria de tirar algumas dúvidas sobre o seu trabalho que são:

1) No trabalho vocês usaram o funcional que CAM-B3lYP que é um funcional que leva em consideração o termo range-separation prameter (w). No trabalho de vocês chegam a calcular esse parâmetro? Qual a relevância desse parâmetros para o cálculos os seus cálculos, uma vez que este termo esta associado com o termo de exchange?

2) Em vez de usar um funcional hibrido com com formalismo range separeted, não seria mais interessante utilizar uma abordagem GW?

Olá Ana, excelente trabalho.

Como foi efetuada as escolhas de cargas e multiplicidades de cada região do onion (NV1 e NV2), visto que se trata da mesma molécula?

Att.

Lucas

Olá Luciano! Não ficou claro para mim, o seu programa "base" para o VSCF utiliza alguma aproximação no Hamiltoniano de Watson. Chegou a calcular o momento de dipolo e a polarizabilidade ao longo das SEPs para ver se em toda a extensão há uma boa descrição dessas propriedades? Tentou usar na representação analítica com B-splines? Provavelmente você já conhece mas vale a pena ver se nos trabalhos de Taras Petrenko e Guntram Rauhut existe alguma estratégia para melhorar a descrição da polarizabilidade ao longo das SEPs.

Parabéns Ana, excelente trabalho. Existe alguma explicação para a grande diferença entre os modelo com SMD e PCM?

Você verificou alguma relação entre a carga, distância e intensidade?

Olá, Luciano. Parabéns pelo trabalho de vocês. Achei bastante interessante! Tenho duas perguntas:

1) Os métodos VSCF/VCI já foram aplicados anteriormente para a espectros Raman ou essa implementação de vocês no VSCFR é inédita? (Peço desculpas caso esta informação me tenha escapado no vídeo)

2) Qual é a importância da energia de correlação eletrônica no resultado final destes espectros? Nem sempre é claro ganho quantitativo de efeitos de correlação obtidos por alto nível de teoria em propriedades vibracionais e rotacionais, mas pelo que acompanho da literatura e do seu trabalho, sempre são utilizados cálculos em altíssimo nível.

Obrigado!

Boa tarde Douglas.

Parabéns pelo seu trabalho e excelente apresentação.

Tenho duas perguntas.

1ª. Você tem dados experimentais para comparar seus resultados? Se sim, comparando-os qual a acurácia do seus resultados versus os dados experimentais?

2ª. A partir dos seus resultados, você poderia inferir qual dos compostos serão mais facilmente absorvidos por seres vivos, como os peixes e humanos?

Muito obrigada.

Parabéns pelo trabalho Gustavo, orientador e demais participantes.

Com relação a inclusão dos efeitos relativísticos, foram incluídos apenas os escalares, correto? Gostaria de saber se vocês já aplicaram o protocolo proposto para outros complexos?

Caro Iran,

Uma pena. O trabalho me pareceu bem interessante, mas o som estava tão baixo que não conseguir entender

grande parte da sua fala.

Como os painéis vão ficar na página do congresso, talvez fosse o caso de você se comunicar com os organizadores

e pedir para fazer um upload de um novo vídeo.

Um abraço.

Marco Chaer