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Rodrigo dos Santos Fuscaldo and 1 other person replied to the topic "Considerações e perspectivas do trabalho"

Publication: Identificação de inibidores simultâneos de PARP1, Bcl-2 e Bcl-xL através de estudos computacionais

Oi Rodrigo, bem bacana a ideia e proposta do seu trabalho, cada vez mais inibidores multitarget estão em foco. Apenas algumas considerações, por favor. Você não acha que valeria o esforço a criação de um modelo farmacofórico considerando os 3 alvos simultaneamente? Assim, quando for procurar ligantes, a chance de acerto será maior já que estará direcionado. Vocês também pretendem fazer cálculos de energia livre utilizando a dinâmica? Acredito que possa ser interessante considerar outros valores de energia livre além do score do docking, visto as limitações que o score apresenta. Por fim, no futuro, vocês irão fazer ensaios enzimáticos/ in vitro para as moléculas identificadas? Muito obrigado e, mais uma vez, parabéns pelo trabalho.
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Felipe Lopes de Oliveira and 1 other person replied to the topic "Metodologia utilizada para estimar a adsorção do CO2"

Publication: Does only size matter? Assessing the influence of functional groups on CO2 capture by Covalent Organic Frameworks 2D

Olá Felipe, parabéns pelo trabalho! Pensando na metodologia do RASPA2, que até onde entendi, é baseada em campos de força; eu fiquei me perguntando se a adsorção calculada por este método é uma adsorção química ou física e, como campos de força podem não descrever apropriadamente quebras e formações de ligações químicas, imaginei que o método simula adsorções físicas. É isso mesmo que acontece? E, caso o método simule apenas adsorções físicas e caso fosse possível estudar adsorções químicas, a formação de carbamatos (dados os grupos -NH2 estudados) não poderiam também entrar no grupo dos melhores grupos funcionais para a adsorção de CO2?
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Gabriel Rodrigues Coutinho Pereira replied to the topic "Dúvidas"

Publication: In silico analysis of human SOD1 protein variants related to Amyotrophic Lateral Sclerosis

Excelente seu trabalho!  Você tem pretensões de realizar uma decomposição de energia MM-PBSA, por exemplo? Suas análises foram excelentes, mas acho que seria interessante estimar a energia livre de interação em consequência das variantes. Confesso que acho muito abstrato as análises de dinâmica molecular, e por isso geralmente recorro as análises de decomposição de energia.  Eu, juntamente com meu orientador realizamos uma abordagem semelhante, mas aplicado ao estudo da variante Delta do SARS-CoV-2. Contudo, infelizmente venho tendo muitas dificuldades para obter algo conclusivo a partir da dinâmica molecular. Será que a afinidade com anticorpos realmente se altera diante das variantes? Esta é uma pergunta que tenho dificuldade para responder unicamente a partir das análises de RMSD, RMSF, dentre outras. Por fim, achei excelente o tempo de suas simulações, o que garante que as diferenças não são resultado de um comportamento meramente estocástico. 
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Heloisa Naomy Silva Menezes replied to the topic "Sobre a motivação/ Sistemas escolhidos"

Publication: Estudo ab initio da estrutura eletrônica de complexos com ligante 1,2-ditiolato

Olá Heloisa, seu trabalho é extremamente interessante e parece bem desafiador em especial no caso do cobre. Não sei a melhor forma de usar essa ferramenta, então separarei as perguntas em tópicos diferentes.   Quanto aos sistemas escolhidos: Vejo as similaridade dos sistemas contendo antimônio e bismuto, previamente estudado pelo grupo e com uma parceria experimental. O cobre por outro lado possui carga e configuração de valência diferentes dos anteriores. Além disso, metais de transição 3d são conhecidos pela dificuldade na descrição de métodos computacionais. Qual a motivação de estudar o sistema de cobre? Há estudos experimentais sobre eles?