Algoritmo Genético Aplicado ao Problema da Geometria de Distâncias Moleculares

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Detalhes
  • Tipo de apresentação: Trabalho completo (oral)
  • Eixo temático: 14. OC – Otimização Combinatória
  • Palavras chaves: Algoritmo Genético; Geometria de Distâncias; estrutura molecular;
  • 1 Centro Federal de Educação Tecnológica Celso Suckow da Fonseca (CEFET/RJ).
  • 2 Universidade Federal do Ceará - UFC

Algoritmo Genético Aplicado ao Problema da Geometria de Distâncias Moleculares

Sarah Ribeiro Lisboa Carneiro

Centro Federal de Educação Tecnológica Celso Suckow da Fonseca (CEFET/RJ).

Resumo

O Problema da Geometria de Distâncias Moleculares (MDGP) tem como objetivo determinar estruturas moleculares a partir de um conjunto de distâncias interatômicas. Sua principal aplicação é encontrar arranjos tridimensionais de proteínas usando dados de ressonância magnética nuclear. Se assumirmos que para cada átomo vi, para i > 3, as distâncias aos três átomos imediatamente antecessores são conhecidas, podemos definir a versão discreta (Discretizable Molecular Distance Geometry Problem - DMDGP). O espaço de busca do DMDGP pode ser representado por um árvore binária cujas posições possíveis para um átomo vi são representadas na i-ésima camada da árvore. Cada solução corresponde a um caminho simples, da raiz até um nó folha, e pode ser representada por um vetor binário. Este trabalho propõe duas abordagens baseadas em algoritmos genéticos para solução do DMDGP, denominadas SGA e FIGA. Em todos os testes realizados o FIGA apresentou um desempenho melhor (ou igual) ao do SGA.

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