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Introdução: O controle biológico é uma ferramenta importante para a agricultura sustentável. A utilização de metabólitos extracelulares produzidos por micro-organismos endofíticos é destacada com uma alternativa aos defensivos tóxicos. É escassa investigação científica e a aplicação biotecnológica de endófitos de plantas do Cerrado, como a lobeira (Solanum lycocarpum). A valorização da biodiversidade é uma importante ferramenta para a preservação deste rico bioma. Métodos: Foram testados 57 micro-organismos endofíticos isolados de folha (n=10), fruto (n=19), flor (n=1) e casca do tronco (n=27) da Lobeira, e 6 fungos fitopatogênicos (Fusarium oxysporum phaseoli (n=3), Sclerotinia sclerotiorum (n=2), e Rhizoctonia solani (n=1)). Todos os micro-organismos foram propagados em TSB (caldo soja tripticaseína) durante 6 dias a 35°C. A atividade antifúngica foi avaliada pela metodologia do canudo. Esta metodologia consiste na inoculação de 100 µL da suspensão dos fungos fitopatogênicos por espalhamento sobre o meio Batata Dextrose Ágar (BDA). Em seguida, os canudos cortados (1 cm) e estéreis foram introduzidos no meio de cultura de maneira equidistante e com espaçamento de 2 cm. Os canudos foram inoculados com 100 µL da suspensão dos micro-organismos endofíticos. As placas foram incubadas durante 6 dias a 35° C. Todos os endofíticos foram confrontados com os seis fitopatógenos. Resultados: 29 isolados endofíticos (folha n=7, fruto n=5, casca do tronco n=17) apresentaram atividade antifúngica em um ou mais fitopatógeno, entretanto, somente os isolados W22, W23 e W25 provenientes da casca do tronco de Lobeira foram capazes de inibir o crescimento todas as cepas fitopatogênicas. Conclusões: Estes resultados indicam que os fungos endofíticos provenientes da casca do tronco da lobeira apresentam maior potencial para aplicação no biocontrole de fungos patogênicos para culturas de interesse econômico. Além disso, este trabalho destaca o potencial da exploração não predatória da biodiversidade do Cerrado e a valorização de alternativas ecológicas para aplicação na agroindústria.