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Análise de dados de sequenciamento de nova geração (NGS) de pacientes portadores de aortopatias para a identificação de mutações patogênicas
Daniele Do Nascimento Aprijo
Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro
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Crie um tópicoAs aortopatias são distúrbios que ocorrem na artéria da aorta e abrangem uma variedade de patologias hereditárias e adquiridas que podem apresentar características sindrômicas ou não sindrômicas. As doenças da aorta torácica (DAT) caracterizam-se pela dilatação (aneurisma) ou dissecção da aorta nas suas porções ascendente, arco ou descendente. As DATs estão mais propensas a estarem associados a fatores genéticos e apresentam herança autossômica dominante. Esse trabalho teve como objetivo identificar as variantes genéticas associadas às doenças da aorta por meio da análise genética de indivíduos portadores de DAT. No Instituto Nacional de Cardiologia, uma coorte de 72 indivíduos com diagnóstico clínico de DAT antes dos 60 anos foi recrutada e submetida ao sequenciamento de nova geração (NGS) com um painel Ampliseq® de genes prioritários para as DATs (ACTA2, COL3A1, EFEMP2, FBN1, FOXE3, LOX, MFAP5, MYH11, MYLK, PRKG1, SMAD2, SMAD3,TGFB2, TGFBR1, TGFBR2). As sequências geradas foram alinhadas contra o genoma de referência hg19/GRCh37. Na plataforma Ion Reporter (https://ionreporter.thermofisher.com/ir/) uma lista de variantes para cada amostra foi gerada. Artefatos do sequenciamento foram excluídos e a identificação das variantes com potencial patogênico foi realizada de acordo com as diretrizes do American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). A média das variantes por amostra foi 93,5 ±15,8. Com a aplicação dos filtros de cobertura do sequenciamento (≥20x), frequência do alelo menor (MAF≤0,0005) e localização da variante (exons, sítios de splice 5’ e 3’ e UTR-5’ e 3’) o número de variantes foi reduzido para 5 ± 2,3 por indivíduo. As variantes suspeitas de serem artefatos foram na sua maioria indels em homopolímeros com desequilíbrio alélico e viés de fita. No total foram reportadas 38 variantes, sendo 5 variantes patogênicas (VP), 3 variantes provavelmente patogênicas (VPP), 21 variantes de significado incerto (VSI) e 9 variantes provavelmente benigna (VPB). A maior prevalência de VP/VPP foi encontrada no gene FBN1 (c.1837+1G>C, p.Arg1530Cys3, p.Ser2643ArgfsTer8), enquanto os genes ACTA2 (c.454+1delG), MYLK(p.Ser1617LeufsTer2), SMAD3 (c.872-2A>G), TGFB2 (p.Glu66GlyfsTer79), TGFBR2(p.Arg485His) possuíam uma variante cada. Apenas duas variantes já foram reportadas nos bancos de dados públicos como patogênicas. Dos 72 sujeitos submetidos à análise genética, o rendimento diagnóstico (VP/VPP) foi de 11%. A análise identificou oito variantes causais para DAT, sendo o gene que codifica a fibrilina-1 o mais afetado. Destas, seis são variantes novas, identificadas e associadas com DAT pela primeira vez neste trabalho.
Silvia Helena Sofia
Boa tarde, Daniele. Assisti o vídeo e queria parabenizá-la pelo seu trabalho. Sucesso para vc. Silvia (Avaliadora do CNPq)
Vânia Maria Maciel Melo
Prezada Daniele, parabéns pela apresentação clara, segura e ineditismo de resultados do seu trabalho. Muito importante essa avaliação usando NGS para ajudar no diagnóstico de pacientes com DAT.
Parabésn!
Profa. Vânia Melo - Universidade Federal do Ceará
Daniele Do Nascimento Aprijo
Muito obrigada, Vânia.
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Daniele Do Nascimento Aprijo
Obrigada, Silvia!!!