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Proposition of Cr3+, Mn2+, Fe2+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+ complex structures with glycine: A structural and electronic approach
Frederico Henrique do Carmo Ferreira
Universidade Federal de Juiz de Fora
Now you could share with me your questions, observations and congratulations
Create a topicAmino acids are well described in literature and much information is known about them so far. However, considering the free ions present on living organisms it is likely complexations occur; many works have been released discussing the structures of those species. The complexation of metallic ions and glycine (Gly) results in a stable structure formed by hydrogen interactions between the species. In order to study these interactions, this work uses theoretical approaches to evaluate both structural and electronical information.
Raissa Lohanna Gomes Quintino Corrêa
Olá, Frederico!
Gostaria de te parabenizar pela apresentação! Esse modelo é bem diferente, trás vários elementos que lembram uma apresentação mais voltada pra Divulgação, então deixa o assunto mais leve e interessante! Ainda mais pra um congresso grande, com pessoas de várias áreas. Fora sua dicção, que é incrível! Meus parabéns!
Eu fiquei com uma dúvida: quais seriam as etapas seguintes do trabalho? Vocês têm algum objetivo específico ao estudar esses complexos com metais, ou seria mais uma caracterização in silico?
Lucas Andrade Silva
Parabéns pelo trabalho! Tenho uma dúvida quanto ao nivel de teoria (funcional + base) utilizados. Sabe estimar o efeito que a base usada pode ter sobre os resultados? Visto que foram estudados metais de transição que normalmente exigem tratamento mais profundo. Abraço!
Frederico Henrique do Carmo Ferreira
Olá Lucas!
Nós acreditamos que o conjunto de bases e o nível de teoria como um todo é suficiente para descrever o que queremos. creio que seja uma base muito bem balanceada para esse tipo de sistema, Obviamente, uma análise de benchmark poderia ser feita em algum momento para aprimorar isso, mas por enquanto estamos satisfeitos com os resultados que estão sendo obtidos comparando-os com resultados experimentais e com o custo computacional. Logicamente, tudo depende da propriedade a ser analisada.
Obrigado pela pergunta! Espero ter sido claro, estou aberto a demais discussões
Lucas Welington de Lima
Olá Frederico, parabéns pelo trabalho!
Eu queria saber se você teve problemas com contaminação de spin (além do aceitável, é claro) nas estruturas de camada aberta? Esse é um problema que encontro nos meus cálculos com alguns dos metais dos seus sistemas e queria saber como você estaria lidando com esse problema.
Frederico Henrique do Carmo Ferreira
Olá Lucas, como vai?
Por enquanto, os dados que temos até agora não apontam a contaminação de spin como responsável por grandes desvios no modelo. Inclusive seu comentário é bem pertinente e isso precisa ser investigado com mais calma. Se quiser compartilhar com mais detalhes os problemas que você encontrou em seus modelos semelhantes!
Agradeço pelo seu tempo e pelo comentário,
Lucas Welington de Lima
Olá Frederico, boa tarde!
O principal problema que tive estava relacionado com a convergência do SCF, o que fazia com que otimizações de geometria ou cálculos de frequência vibracional (principalmente esses!) demorassem muito ou terminassem com uma mensagem de erro.
Ricardo Oliveira
Olá Frederico, trabalho desafiador. Tenho algumas perguntas. 1) Como você selecionou as multiplicidades de spin? 2) Os cálculos de sistemas de camada aberta são restritos (ROKS) ou não restritos (UKS)? Se forem UKS, a contaminação de spin é elevada? 3) Para Cr e Cu, é possível formar sistemas dinucleares com diversos ligantes, pretende estudá-los também?
Frederico Henrique do Carmo Ferreira
Olá Ricardo, como vai?
Realmente é um trabalho bem desafiador mas que estamos desenvolvendo de forma concisa com a literatura, fazendo uma busca por complexos que já foram publicados!
Primeiramente, tentamos selecionar as menores multiplicidades possíveis para os complexos, apenas em casos de problemas de convergência é que alteramos esse valor para tentarmos obter algum complexo de coordenação. Assim, todos esses valores de spin também serão relatados em uma possível publicação sobre o tema.
Os cálculos foram todos em camada aberta e, assim como respondi para o Lucas, os dados que temos até agora não apontam a contaminação de spin como responsável por grandes desvios no modelo. Claro que para termos certeza precisaríamos averiguar com mais calma.
Por fim, a ideia agora é sintetizarmos todos os dados já obtidos com a escrita de um artigo, assim iríamos gerar mais discussão e facilitar a compreensão do trabalho pelos outros membros da academia. Nossa intenção é fazer uma análise mais apurada incluindo provavelmente alguns estados excitados. Por enquanto, os cálculos foram feitos sempre no nível fundamental.
Frederico Henrique do Carmo Ferreira
Agradeço seu comentário, Ricardo
Estou aberto para demais questionamentos
Ricardo Oliveira
Obrigado Frederico. Esses problemas de convergência são comuns nesses sistemas. Geralmente eu tento duas coisas para resolver. 1) Mudar o algoritmo do SCF para métodos mais lentos como combinações de Steepest Descent e Newton-Rhaspon. Acho que no Gaussian é chamado de convergência quadrática e você invoca com "SCF=QC". Nesse caso é preciso aumentar bastante o número de ciclos. Algo entre 500 e 1000 iterações. 2) Iniciar o cálculo com orbitais otimizados para outras multiplicidades. Para isso no Gaussian você precisa salvar os orbitais otimizados em um "checkpoint file" para usar como guess em outros cálculos. Boa sorte!
Frederico Henrique do Carmo Ferreira
Muito obrigado por compartilhar essa informação, Ricardo! Com certeza iremos considerar essa alteração em casos de problemas de convergência que não forem solucionados com o aumento do numero de ciclos da iteração padrão utilizada pelo Gaussian para a convergência do SCF!
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Frederico Henrique do Carmo Ferreira
Olá, Raissa! Agradeço muitíssimo seu comentário, realmente acredito que devemos nos preocupar não apenas com o conteúdo apresentado, mas também a forma como ele é passado aos ouvintes! Na minha opinião faz toda diferença 😊
Com relação as nossas perspectivas futuras, a ideia é fazer uma ligação com a literatura fazendo amarrações com o que já existe e está publicado. Temos um colaborador externo que trabalha com esses complexos de forma experimental e se for possível pretendemos unir nossos resultados para termos uma base teórico-experimental!
Novamente agradeço pelo seu comentário, espero que tenha gostado de nosso trabalho!
Qualquer dúvida estou à disposição!
Paula Homem-de-Mello
Exceletne trabalho, parabéns!
Lucas Andrade Silva
Reitero os parabéns pela boa forma de apresentar!
Frederico Henrique do Carmo Ferreira
Agradeço Paula e Lucas! Espero que a apresentação do trabalho tenha sido proveitosa e que tenha lhe trazido alguma informação relevante ou interessante!