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pyPolyBuilder: An automated software to create molecular topologies and initial configurations of arbitrary supramolecules for molecular dynamics simulations.
Mayk Caldas Ramos
Universidade Federal do Rio de Janeiro
Agora você poderia compartilhar comigo suas dúvidas, observações e parabenizações
Crie um tópicoSistemas cada vez mais específicos tem sido desenvolvido.
O desenvolvimento de técnicas teóricas para estudo de moléculas maiores acompanha essa tendência.
Contudo, a construção de arquivos de coordenadas e de topologias moleculares para a realização de simulação de dinâmica molecular é uma tarefa cansatíva e de fácil erro humano.
Para facilitar a construção e a confiabilidade desses arquivos, o pyPolyBuilder foi desenvolvido.
Ele é um software independente destinado a construção de moléculas arbitrárias de forma generalizada e de fácil utilização.
gunar mota
Mayk ótimo trabalho!
gostaria de saber se o sistema tem possibilidade de criar nanopartículas?
Ricardo Oliveira
Fala Mayk! Belo trabalho! Não quer criar uma rotina adaptada para gerar clusters moleculares com moléculas flexíveis? Tenho interesse de rodar algumas dinâmicas em nível xTB de moléculas biológicas (entre 30 e 100 átomos) mas preciso ter uma rotina de geração de estruturas iniciais. Abraço!
Mayk Caldas Ramos
Fala Ricardo!
O pyPolyBuilder consegue criar a topologia e a geometria de cada molécula individual.
Depois disso, pode pensar em como montar uma rotina pra juntar elas e fazer o cluster. A gente tem até algumas coisas que a gente já fez aqui no grupo nesse sentido de criar complexos no contexto de drug delivery
Abraço!
Paulo Augusto Netz
Olá Mayk. Excelente trabalho, parabéns.
Abraço
Paulo Netz
Mayk Caldas Ramos
Oi Paulo!
Muito obrigado! :)
Abraço!
Jorge Maurício da Silva Brito
Oi Mayk, boa noite.
Quero parabenizá-lo pelo excelente trabalho. Adorei.
Mayk Caldas Ramos
Oi Jorge!
Muito obrigado! :)
Abraço!
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Mayk Caldas Ramos
Olá! Muito obrigado pelo interesse!
Os dendrímeros, por exemplo, que são mostrados na apresentação tem escala nanométrica. Então, sim, o pyPolyBuilder foi desenvolvido justamente para criar topologias de sistemas poliméricos que em escala nanoparticular.
A única ressalva que eu tenho à fazer, é que sobre a geração da geometria inicial. A geometria inicial gerada é otimizada em vácuo. O que pode resultar em uma estrutura diferente da esperada quando solvatada. Por isso, indicamos que uma minimização de energia seja feita em um pacote de simulação do sistema solvatado. Mas sim, o pyPolyBuilder pode ser usado para criar nanopartículas poliméricas à partir dos blocos de construção mais simples que as compõe :)
Abraço!
Mayk