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Aplicação de Métodos Computacionais no Estudo do Mecanismo de Ação de Enzimas Essenciais ao Vírus Zika
Maria Carolina Lima
Department of Medicinal Chemistry / College of Pharmacy / University of Utah
Agora você poderia compartilhar comigo suas dúvidas, observações e parabenizações
Crie um tópicoO vírus Zika (ZIKV) é um vírus essencialmente transmitido por artrópodes, principalmente por mosquitos do gênero Aedes (Ae. Aegypti).
O processo de replicação viral é mediada por co- e pós-tradução de proteases do hospedeiro e por dois componentes da própria protease do vírus, o domínio protease da NS3 e a NS2B.
A proposta desse trabalho é a compreensão detalhada do mecanismo e a identificação das espécies intermediárias na reação catalisada pela protease de serina ZIKV.
Utilizando dinâmica molecular com método híbrido QM/MM e com método de amostragem Umbrella Sampling.
Obtemos o perfil energético para a primeira etapa da reação com energia livre de 33,62 kcal/mol.
Vinícius Bonatto
Oi Maria, parabéns pela proposta e pelo trabalho. O mecanismo de proteases são bem conhecidos, envolvendo a acilação e desacilação, além da participação da molécula de água. Tendo isso em vista, no caso da enzima que você está estudando, este será o primeiro trabalho computacional sobre o seu mecanismo? Caso não seja, o que vocês estão trazendo de novidade em relação ao que já existe? Mais uma vez, parabéns e obrigado.
Frederico Pontes
Qual a razão de escolher as Cargas de Mulliken para avaliar a transferência de carga na formação do intermediário tetraédrico?
Maria Carolina Lima
Olá Frederico Pontes, agradeço pela pergunta.
Como usamos o programa AMBER para realizar o cálculo QM/MM MD, essa é a carga fornecida pelo programa para cálculos semi-empírico. Ou CM3 para DFTB2 também pode ser escolhida.
Nesse caso as cargas de Mulliken nos deram um bom insight sobre o que de fato estava ocorrendo com a distribuição de carga na região.
Mais uma vez obrigada.
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Maria Carolina Lima
Olá Vinícius Bonatto,
Desde já agradeço pela pergunta!
Com relação ao vírus Zika, existe um trabalho publicado em 2019. Eu tenho trabalhado para avaliar melhor o efeito da molécula de água na região do sítio ativo (incluir 1 a 3 moléculas na região), ou seja, comparar os perfis de energia.
Nós também queremos usar os inibidores análogos ao TS.
Muito Obrigada.
Vinícius Bonatto
Oi Maria, obrigado pela resposta. Entendi, agora ficou mais claro em relação as águas para comparar os perfis de energia. E, realmente, uma excelente opção a utilização de inibidores análogos ao TS.