Solvation effects on the p-Aminobenzoic Acid Protonation Dynamics by Ab Initio Molecular Dynamics
Detalhes
- Tipo de apresentação: Apresentação de Pôster / Poster Communications
- Eixo temático: Dinâmica Molecular
- Palavras chaves: Proton transfer; ab initio molecular dynamics; microdroplets;
- 1 Universidade de São Paulo
Solvation effects on the p-Aminobenzoic Acid Protonation Dynamics by Ab Initio Molecular Dynamics
Tatiana Penna
Universidade de São Paulo
Resumo
Proton Transfer of PABA in microdroplets change with the number of water molecules present.
The N-protomer can be kinetically trapped in smaller clusters.
Bigger clusters display bulk behavior, and protonation is observed in the amino group and solvent network.
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Tatiana Penna
Olá Professor, obrigada pelas perguntas e pelo interesse no nosso trabalho!
Nós inicialmente dimensionamos a caixa com n=32 considerando a densidade de 1 g cm^-3 o que resultou em um tamanho de 10,6 A de aresta. Depois esse tamanho foi mantido para as demais simulações, e assim, densidade da caixa foi sendo reduzida para simularmos a "evaporação".
Com relação aos processadores, utilizamos 6 nós de 24 processadores cada, totalizando 144 processadores para cada simulação. O tempo de cálculo depende de cada tamanho de cluster, quanto mais moléculas de água mais tempo de máquina. Mas considerando o maior sistema, n=32, para rodar 220 ps o tempo total (ininterrupto) foi em média 50 dias.
E realmente, não fizemos estimativa da Energia de Gibbs.